dimecres, 8 de febrer de 2012

Hi ha poblacions més neandertals que d'altres?

Després d'haver-nos fet patir tant amb l'ADN denisovà i els anàlisis que John Hawks va dir que apareixerien "soon" (aviat) però que no acaben de sortir, l'antropòleg nord-americà va alimentant la seva audiència amb les engrunes de pa que cauen de la seva taula de l'escriptori, on hi té un ordinador amb molts programes complexos instal·lats que li serveixen per generar gràfics d'aquest estil (clic per engrandir):



No sé si la imatge es veu bé. En qualsevol cas, anem de cara al gra: Hawks ha agafat una sèrie de poblacions (luhya, ioruba, toscans, finlandesos, britànics...) i les ha comparades amb el genoma de Vi33.16, una de les tres dones neandertals croates a partir de la qual es va seqüenciar el genoma neandertal.

Hawks ha trobat diferències "significatives" entre diferents poblacions, algunes d'elles molt properes. Vet aquí uns exemples:



[Informació rellevant: com més cap a la dreta, més material genètic es comparteix amb els neandertals].

En aquest gràfic d'aquí sobre hi tenim dues poblacions europees: els britànics i els toscans. Pel que sembla, aquests últims són una mica més neandertals que els seus veïns del nord. No només això, sinó que sembla que d'entre les poblacions comparades, els toscans són els més neandertals de tots. És un resultat que costa una mica de creure, però bé, anem a veure el següent gràfic:




En aquest gràfic es representen dues poblacions xineses de la mateixa ètnia: els Han del sud i els Han del nord. Pel que sembla, també hi ha diferències significatives: els Han del nord porten un 0,5% més d'ADN neandertal. Aquest resultat ja no és tant esperat, si tenim en compte que en ser de la mateixa ètnia, haurien de ser molt similars, genèticament parlant. És com si comparessim entre barcelonins i gironins i trobéssim que aquests últims porten un 0,5% més d'ADN neander. Si aquest % més realment és perquè els gironins haguessin incorporat més ADN neandertal, això voldria dir que gironins i barcelonins ja eren poblacions separades des de fa almenys... 35.000 anys!!! No cola.

I per últim, el gràfic més il·lustratiu, el que en Hawks no sap com interpretar:



Aquí hi tenim representades dues poblacions africanes: els Luhya de Kènia i els Ioruba de Nigèria. Segons el model de Green i Paabo, els africans actuals no haurien de portar ADN neandertal, o en cas de portar-ne, seria degut a barreges amb poblacions no-africanes, com és el cas d'alguns africans de l'est.

Tot i així, el que s'observa en aquest gràfic no és només que no tots els africans són igual de neandertals, sinó que els africans de l'oest (Ioruba) ho són una mica més que els de l'est (Luhya)!!!

Com s'explica tot això? Hi ha diferents alternatives:

1-Que les coses són com les interpreta en Hawks, i que gironins i barcelonins, toscans i britànics o xinesos Han del sud i del nord ja eren dues poblacions separades fa 35.000 anys.
2-Que tot plegat sigui degut a l'atzar: efectes fundadors, deriva genètica... és a dir: que sembli que algunes poblacions són més neandertals que d'altres per aquests fenòmens i no pas perquè realment hagin incorporat més ADN neandertal.
3-Que tot plegat sigui una estructura dins l'Àfrica i els encreuaments neandertals mai van existir: és poc probable, però cal fer una matització: si hi ha africans més neandertals que d'altres i la cosa es deu a l'atzar... potser hauriem de rebaixar el % d'ADN neandertal en no-africans no? És a dir: potser enlloc de ser del 3% com diu en Hawks és del 2%.

Com és obvi, en Hawks s'ha decantat per la 1. En Maju, l'autor del blog "For what they were we are", defensor de "l'únic i irrepetible" episodi d'encreuament a l'Orient mitjà defensa la 2. Jo em sembla que estic força d'acord amb en Maju... almenys fins ara: no em convencen gens els gràfics d'en Hawks i les explicacions que hi dóna. Ara bé, ningú no ens assegura que d'aquí x temps surti un estudi fet a nivell mundial comparant centenars de poblacions amb uns quants neandertals i trobi que hi hagi petites diferències... en qualsevol cas, esperem que en Hawks revisi els seus gràfics: hi ha massa multirregionalisme implícit.


Fonts:

http://forwhattheywereweare.blogspot.com/2012/02/splitting-hairs-with-neanderthal.html
http://johnhawks.net/weblog/reviews/neandertals/neandertal_dna/1000-genomes-introgression-among-populations-2012.html

5 comentaris:

  1. Yo no defiendo la opción 3, eso es Dienekes. Yo creo que el resultado Yoruba/Luhya lo contradice, lo mismo que antes lo contradecía la similitud Bosquimana/Yoruba: no hay estructura en África en relación a los neandertales otra que la generada por la migración de vuelta desde Eurasia. Yo digo que esta variación mínima (e insignificante) es perfectamente esperable diversidad ancestral de la especie H. sapiens, que al fin y al cabo es un pariente cercano del H. neanderthalensis, no? El que haya pequeñas (totalmente mínimas!) variaciones entre poblaciones (y entre individuos) es el producto normal de la deriva genética y los efectos fundacionales en el origen de estas poblaciones.

    Yo digo que 2. Que es lo mismo que Green y compañía han dicho siempre (la incertidumbre es mucho mayor que las diferencias observadas), lo demás son pajeos mentales (y el Hawks debiera saber mejor) y nostalgia multirregionalista.

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  2. Pues sí que lo contradice... y otra cosa: si hay africanos que parecen más neandertales pero que llevan un 0%, entonces el % de ADN neandertal sería algo menor, no? Es decir, que el 0 empezaría más arriba y la cosa se movería alrededor del 2.2% como has señalado en tu blog.

    Desconozco el tamaño de las muestras, pero si sabemos perfectamente que hay diferencias de persona a persona... no es nada raro que si pilla 10 toscanos y 10 británicos le salgan mínimas diferencias...

    Otra cosa que me cabrea: el maldito eurocentrismo. Por qué Hawks se ha olvidado de poblaciones como los indios americanos, los indios, los papúas, los africanos del norte, los pakistaníes, etc? Y en cambio ha cogido 4 poblaciones europeas. No me parece muy serio este análisis...

    Pero bueno: entonces, si hubiera alguna población que llevase un 0.1% más que las otras, como lo detectaríamos y lo separaríamos del azar? O bien no se puede?

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  3. "... si hay africanos que parecen más neandertales pero que llevan un 0%, entonces el % de ADN neandertal sería algo menor, no? Es decir, que el 0 empezaría más arriba y la cosa se movería alrededor del 2.2% como has señalado en tu blog".

    Sí. Lo que pasa es que es difícil saberlo con tanta precisión puesto que tampoco se puede descartar totalmente un goteo menor hacia África como sugiere, un tanto aventureramente, Hawks.

    Lo que hay que hacer es aceptar que hay un grado notable de incertidumbre, mayor que lo que le sirve a Hawks para lanzar sus conjeturas.

    "Desconozco el tamaño de las muestras"...

    Son todas del orden de 100-120 individuos (en este caso), aunque no sé si usó las muestras enteras o sólo una fracción (aligera mucho el tiempo de procesado). Los datos están todos disponibles en el proyecto de los 1000 Genomas en cualquier caso.

    ... "ha cogido 4 poblaciones europeas"...

    Sólo ha usado dos que yo sepa: "Brits" (seguramente CEU) y "Tuscans" (TSI). Ha tenido en cuenta al menos a los Chinos y Japoneses.

    Yo lo del eurocentrismo no lo decía por eso sino por la obsesión con que neandertales y sapiens se tuvieron que mezclar en Europa y no, por ejemplo, en Irán, donde el contacto sin duda fue mucho más prolongado. Y también por lo de agarrarse a clavos ardiendo para intentar demonstrar una supuesta diferencia de "soy más neandertal que tú, rabia!" que antes algunos multirregionalistas como Hawks creían posible, más bien probable, y que ahora tienen que ver como se les escurre entre los dedos.

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  4. "Pero bueno: entonces, si hubiera alguna población que llevase un 0.1% más que las otras, como lo detectaríamos y lo separaríamos del azar? O bien no se puede?"

    No se puede saber con ninguna certeza porque como vemos hay ya al menos un 0.3% de variación en África (más bien 0.5%) y no se puede atribuir sino a variabilidad ancestral de la especie. Y sobre todo no podemos saber si ese 0.1% de más es una mezcla extra o, más probablemente, un mero azar de la deriva genética, efectos fundacionales, etc.

    Diferencias del 1% sí que serían notables, entiendo, pero por debajo del 0.5% es despreciable: totalmente dentro del rango de incertidumbre básico.

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  5. "Sí. Lo que pasa es que es difícil saberlo con tanta precisión puesto que tampoco se puede descartar totalmente un goteo menor hacia África como sugiere, un tanto aventureramente, Hawks. "

    Eso significaría que los Yorubas están mezclados significativamente (un 20% quizás) con no-africanos, lo que no concuerda con los estudios que se han hecho al respecto. En algunos foros había africanos "puros" donde les salía que eran un 1% neandertal!! No sé hasta qué punto llega esta "incertidumbre".

    "Yo lo del eurocentrismo no lo decía por eso sino por la obsesión con que neandertales y sapiens se tuvieron que mezclar en Europa y no, por ejemplo, en Irán, donde el contacto sin duda fue mucho más prolongado. Y también por lo de agarrarse a clavos ardiendo para intentar demonstrar una supuesta diferencia de "soy más neandertal que tú, rabia!" que antes algunos multirregionalistas como Hawks creían posible, más bien probable, y que ahora tienen que ver como se les escurre entre los dedos."

    Es cierto: por qué no ha cogido ninguna población de oriente medio?

    Además, aun suponiendo que ese 0.12 sea de mezcla adicional en Europa... eso es ridículo!!! Es que en caso de ser verdad eso significaría que todos los hibridos que Hawks, Zilhao y Wolpoff defienden, todos los encuentros y "buen rollito" nunca existieron!!

    Pero como dices es imposible saber tan sólo si ese 0.1 es por azar, imagínate...

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