dissabte, 19 de març de 2011

S I D R Ó N ! ! !

Novetats del genoma neandertal? Ben aviat, pel que sembla. El Sidrón ja ha fet el primer avís: estiguem preparats perquè el dia dels ous Kinder no tinguem una parada cardio-respiratòria.



Per demostrar-vos que la cosa va de debò només dir-vos que qui ha fet públic l'avís és ni més ni menys que Carles Lalueza. Ell mateix, el genetista que amb el seu trepant ha estat mirant a veure si pot accedir a la mina de platí on s'hi amaguen dobles hèlix. Muntanyes de dobles hèlix. Dobles hèlix... neandertals! Sen-ce-res!

Com sabem, el genoma neandertal que es troba a la nostra disposició actualment s'anomena esborrany, perquè, entre d'altres coses, està incomplet. La doble hèlix està trencada, en falten troços, i només s'ha pogut arribar al 60%. I què passa amb l'altre 40%? Doncs que ens podria amagar molts més secrets i informació neanderinteressant. I aquesta informació no pot venir de cap altre lloc que d'altres neandertals, i els del Sidrón sembla que compleixen els requisits, perquè entre d'altres coses, diu Lalueza:



El Sidrón (Asturias, north of Spain) is a subterranean karstic system, where the remains of a contemporaneous social Neanderthal group dated to about 49,000 years ago have been being excavated since their accidental discovery in 1994. Due to the particular preservation conditions of this site, all individuals identified so far have preserved DNA, and the anticontamination measures implemented during the excavation have made palaeogenetic studies possible on all individuals. The El Sidrón samples provide unique information on the kinship relationships and on the internal genetic diversity of Neanderthal groups, thus yielding for first time empirical data for the generation of demographic models of these extinct humans. Moreover, the exceptional preservation of some bone samples has allowed the retrieval of nuclear genes associated with some phenotypic traits involved in pigmentation, blood group, language or taste perception, as well as a significant fraction (0.1%) of the nuclear genome. A future project on Neanderthal genomic diversity could be based on at least some of the El Sidrón specimens.


Ens quedarem amb els fragments en negreta, que diuen el següent:

-Gràcies a les seves condicions particulars de conservació del Sidrón, tots els individus identificats fins ara han preservat el seu ADN.
-Les mesures de descontaminació han fet possible els estudis en tots els individus.
-El Sidrón proporciona informació única sobre les relacions i la diversitat genètica interna dels grups neandertals.
-El projecte futur de la Diversitat Genòmica Neandertal podria basar-se en almenys alguns dels individus d'El Sidrón.



I moltíssimes altres coses que Lalueza no ha comentat en aquest breu paràgraf. Per què ens hem d'acontentar amb els genomes de 3 o 4 neandertals, poguent-ne tenir dotzenes?

5 comentaris:

  1. Hola Maria LLuisa,

    esteremos pendientes para ver si nos aportan más cosas interesantes, a ver si al final va a ser más alta la proporción de adn neandertal que tenemos. un 40% del borrador que falta por ver es un porcentaje alto.

    saludos!!

    ResponElimina
  2. Hola!

    Vaig llegir que de promig els no-sub-saharians (no dic Africans, perquè hi ha molts Africans que també porten ADN neander) estem al voltant del 2,5%, però vés a saber si aquest % pot augmentar una mica. Va sortir un estudi l'any 2006 que predeia un 5% de gens d'orígen "arcaic" en Europeus, o sigui que vés a saber :) també és possible que hi hagi alguna altra espècie en joc, com van dir els del Max Planck.

    Les 3 dones de Vindija formen part d'una població que va patir un coll d'ampolla molt gran, de manera que no sabem fins a quin punt són representatives de tota la diversitat neandertal. És possible que els genomes del Sidrón ens aportin molta més informació en aquest sentit :D:D:D:D:D:D:D:D

    ResponElimina
  3. Però comparant gens de subafricans i d'europeus deuen poder veure si hi ha més diferències. Si només és un 4% d'ADN que no es troba normalment entre els africans i que per tant ve d'una altra banda només és un 4%... no estic segur que el 40 % que encara no coneixem del genoma neanderthal ho pugui canviar...

    m'equivoco?

    ResponElimina
  4. Ni idea. Les estimacions són força aproximatives en la meva opinió, i pel que he pogut llegir a l'estudi de la Senyora X, es van agafar les mostres de només 7 individus no-africans i es van comparar amb les de 3 grups africans: un San, un Yoruba i un pigmes.

    Els % d'ADN neandertal anaven variant depenent del grup Africà que s'utilitzava per comparar, i també entre individus. En promig, va quedar un 3%, però repeteixo, és un promig força aproximatiu, perquè per exemple, crec que un cambodià en tenia més d'un 4% mentre que l'amerindi no arribava a l'1%. La conclusió a la qual vaig arribar és que, mirant els gràfics una i una altra vegada, no trobava la lògica dels mètodes utilitzats per calcular aquests %.

    Els no-africans sembla que també eren més propers a la Senyora X que els africans, però els autors al final -no sé per què- van arribar a la conclusió que era perquè els neandertals eren més propers als denisovans, i no perquè compartissim ADN directament amb ells, com es el cas dels melanesis. En fi, és un embolic.

    És possible que en aquest 40% que falta es puguin descobrir més fragments d'ADN neandertal en els no-sub-saharians, però és clar, el % total en teoria no s'hauria de moure gaire.

    ResponElimina