dijous, 25 d’agost de 2011

Gran part del nostre sistema immunològic provindria dels sistemes immunològics dels homínids arcaics

Encara més enrevassat que el títol és l'article d'en Parham sobre alguns components del sistema immunològic que hauríem heretat dels arcaics.



Fa poc ja en vam sentir parlar, que els encreuaments amb els arcaics ens haurien "millorat" immunològicament parlant, perquè ells estaven molt ben adaptats al lloc on vivien, a diferència dels immigrants africans. Ara bé, faltava comprovar que tots aquests rumors eren certs, i sembla que finalment en Parham s'ha dignat a publicar l'article a la revista Science.

El fitxer adjunt: http://www.sciencemag.org/content/suppl/2011/08/19/science.1209202.DC1/1209202-Abi-Rached.SOM.pdf és només el material suplementari (taules, mapes, etc) que ha penjat el grec Dienekes (l'article sencer és de pagament) i escaracteritza per ser més difícil de desxifrar que un jeroglífic egipci.

I aquí hi tenim l'abstract: "Whole-genome comparisons identified introgression from archaic to modern humans. Our analysis of highly polymorphic HLA class I, vital immune system components subject to strong balancing selection, shows how modern humans acquired the HLA-B*73 allele in west Asia through admixture with archaic humans called Denisovans, a likely sister group to the Neandertals. Virtual genotyping of Denisovan and Neandertal genomes identified archaic haplotypes carrying functionally distinctive alleles that have introgressed into modern Eurasian and Oceanian populations. These alleles, of which several encode unique or strong ligands for natural killer cell receptors, now represent more than half the alleles of modern Eurasians and also appear to have been later introduced into Africans. Thus, adaptive introgression of archaic alleles has significantly shaped modern human immune systems."



He resaltat la frase en negreta perquè crida l'atenció: els denisovans van viure a Sibèria, o en tot cas, a l'est asiàtic, i no pas a l'oest, on hi vivien els neandertals. És més, fins al moment només s'ha detectat ADN denisovà en els melanesis, que viuen gairebé a l'altra punta del planeta. Però encara n'hi ha més, perquè si no ho he entès malament...

-Els africans també porten HLAs (i per tant, ADN) neandertal i denisovà. Això es contradiu amb les comparacions del genoma en diferents poblacions africanes (Yoruba, pigmeus Biaka, San, etc).
-Els africans haurien heretat HLAs d'altres homínids arcaics que van viure a l'Àfrica seguint un model multirregionalista molt complex.
-Els al·lels denisovans segueixen generalment el següent patró decreixent de freqüències: Austronesis, asiàtics i nadius americans, europeus i africans. Això tampoc no es correspon amb les comparacions de diferents genomes.



En definitiva, els al·lels immunològics dels arcaics haurien arribat molt més lluny que no pas la seva contribució real en el genoma. En Hawks va comentar fa poc l'estudi d'en Parham, i la seva opinió semblava molt crítica, perquè hi podria haver alternatives que el mestre Parham ha passat per alt. La meva també ho és, no només perquè el nombre d'arcaics estudiats no passa de 4 (les 3 neandertals i la Senyora X) sinó sobretot quan llegeixo coses com ara "dormir amb els arcaics va millorar els immigrants africans i els va donar l'empenta per conquerir tot el món". Sincerament, és un mica massa.


FONT:

http://www.sciencemag.org/content/early/2011/08/19/science.1209202



4 comentaris:

  1. Creo que es lo mismo que discutí hace un mes en FWTWWA. Parham aparece como el último autor.

    Hawks practicamente desmentía el tema y, basándome en él, yo concluía que:

    "Claim 1: HLA*C0702 is a Neanderthal introgressed allele. Busted!"

    "Claim 2: HLA*A11 (several alleles) is a Denisovan (Erectus probably) introgressed allele. Plausible (but watch that Kampala island in Africa)".

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  2. Sí, pero ahora ha aparecido el "paper"... a mi lo que no me gusta nada es el modelo de introgression, para explicar las necesidades que necesitaban los inmigrantes africanos de adaptación al nuevo entorno, y que fueron subministradas por los arcaicos como una gracia de acción divina.

    No me parece muy serio este planteamiento, y cuando solo hay 4 arcaicos analizados, aun menos.

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  3. El modelo tiene algún sentido, ya que tanto neandertales como "denisovanos" (erectus?) estaban ya habituados a estos entornos nuevos para nuestra especie.

    Sin embargo como estamos hablando de inmunidad biológica, el mismo entorno serían principalmente nuestros parientes biológicos cercanos: neandertales y erectus/"denisovanos", donde los hipotéticos virus peligrosos acecharían.

    No es al final un poco el pez que se muerde la cola?

    (Iba a decir "nótese que el erectus...", estos lapsus linguae!)

    Nótese que Hawks ahora parece simpatizar con el estudio ya publicado. Aunque mantiene alguna reserva parece seducido por el sonido hipnótico del mantra: "multirregionalismo, multirregionalismo"...

    No sé. Habrá que ver el detalle fino. Si existe en África al sur del Sahara seguramente no es introgresión, especialmente porque no aportarían nada a la adaptabilidad en Africa misma, no?

    Ahora bien, si no existe en África bien puede serlo (pero hay que demostrarlo con aDNA, no vale sólo la distribución porque puede ser un fallo de muestreo o que se haya seleccionado ese clado en contra en África tras la OoA).

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  4. "El modelo tiene algún sentido, ya que tanto neandertales como "denisovanos" (erectus?) estaban ya habituados a estos entornos nuevos para nuestra especie. "

    Bueno, tal vez, pero qué quiere decir adaptados? Que yo sepa esos hominidos vivian en lugares muy diversos. Además, parece ser que las 3 neandertales eran consanguineas, por eso que tuvieran los mismos HLA. La muestra es muy pequeña y poco representativa.

    "No es al final un poco el pez que se muerde la cola?"

    Sí, hace aguas por todas partes, además de tener nosequé que no me acaba de gustar. Titulares como "el sexo con los arcaicos mejoró nuestra especie" dejan mucho que desear.

    "(Iba a decir "nótese que el erectus...", estos lapsus linguae!) "

    jajaja creo que si fuese por Hawks, él encantado!

    "Nótese que Hawks ahora parece simpatizar con el estudio ya publicado. Aunque mantiene alguna reserva parece seducido por el sonido hipnótico del mantra: "multirregionalismo, multirregionalismo"."

    Si, y hace poco también buscava la microcefalina de los ******* en la Dama X. Él ya lo dijo, que la evolución humana es multirregional, y a falta de pruebas, habrá que inventarlas (...)

    "No sé. Habrá que ver el detalle fino. Si existe en África al sur del Sahara seguramente no es introgresión, especialmente porque no aportarían nada a la adaptabilidad en Africa misma, no? "

    Es que hay HLAs neandertales que existen en África, y a % elevados!! Es esto lo que no me cuadra. Los HLA denisovanos parecen existir en gran parte del mundo, aunque eso se contradice con el genoma. No sé, también podria ser que esos HLA fueran compartidos por sus ancestros hace 500.000 años, o casualidad, con una muestra tan escasa...


    "Ahora bien, si no existe en África bien puede serlo (pero hay que demostrarlo con aDNA, no vale sólo la distribución porque puede ser un fallo de muestreo o que se haya seleccionado ese clado en contra en África tras la OoA). "

    He leido en el material suplementario que los africanos también podrian haver adquirido los HLA de hominidos arcaicos, pero puestos a especular, es lo más normal del mundo, porque los HAM surgieron otra especie más arcaica!

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