divendres, 20 de gener de 2012

Global genetic variation at OAS1 provides evidence of archaic admixture in Melanesian populations

PUNYETA! Me'n volia anar a dormir! Tinc son! Que demà m'haig de llevar d'hora!! Per què no em deixen anar a dormir, els denisovans!? Per què, per què he hagut de dir "va, escriu amb un moment mbe oxfordjournals al Google a veure si hi ha res d'interessant i sinó, que és el més probable, vést-te'n a dormir" i PATAPAM! em trobo amb aquest article (nooooo és de pagament, per què, per què, ja podrien haver-lo posat en Open Access, com el del B006).



Gràcies al genoma en perfectes condicions de la Senyora X (Siberia, fa 40.000 anys) s'han pogut detectar nous indicis d'hibridació que es consoliden als melanesis de l'est d'Indonèsia i Melanèsia: res que no sapiguessim. El que passa és que hi ha dades molt interessants (copio el resum sencer):

"Recent analysis of DNA extracted from two Eurasian forms of archaic human show that more genetic variants are shared with humans currently living in Eurasia than with anatomically modern humans in sub-Saharan Africa. While these genome-wide average measures of genetic similarity are consistent with the hypothesis of archaic admixture in Eurasia, analyses of individual loci exhibiting the signal of archaic introgression are needed to test alternative hypotheses and investigate the admixture process. Here, we provide a detailed sequence analysis of the innate immune gene, OAS1, a locus with a divergent Melanesian haplotype that is very similar to the Denisova sequence from the Altai region of Siberia. We re-sequenced a 7 kb region encompassing the OAS1 gene in 88 individuals from 6 Old World populations (San, Biaka, Mandenka, French Basque, Han Chinese, and Papua New Guineans) and discovered previously unknown and ancient genetic variation. The 5' region of this gene has unusual patterns of diversity, including 1) higher levels of nucleotide diversity in Papuans than in sub-Saharan Africans, 2) very deep ancestry with an estimated time to the most recent common ancestor of >3 million years, and 3) a basal branching pattern with Papuan individuals on either side of the rooted network. A global geographic survey of >1500 individuals showed that the divergent Papuan haplotype is nearly restricted to populations from eastern Indonesia and Melanesia. Polymorphic sites within this haplotype are shared with the draft Denisova genome over a span of ∼90 kb and are associated with an extended block of linkage disequilibrium, supporting the hypothesis that this haplotype introgressed from an archaic source that likely lived in Eurasia. "


INTERESSANTÍSSIM. I el millor de tot: què passara demà? No sé si podré dormir... bona nit!

La font, que me n'oblido:

http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2012/01/13/molbev.msr301.short?rss=1


Afortunadament en Maju del For what they were... we are ha obtingut una còpia de l'estudi i ha penjat un parell d'imatges molt interessants al seu blog. Feu clic aquí per llegir l'entrada.

Pel que sembla, aquest gen també es troba a molt baixa frequència a la Índia i sud asiàtic, on sabem que també hi vivien erectus, però no a l'Àsia de l'est. Com que la data de 3 milions d'anys sobrepassa la migració erectusiana fora d'Àfrica, que va tenir lloc en fa 2, ja hi ha gent que proposa que en realitat el gen el van passar.... els Hòbbits, que algú ha suggerit que podrien ser Australopitecins. Sí senyor, l'evolució humana és increïble.

4 comentaris:

  1. >3 millones de años me parecen demasiado, incluso a mí que he defendido desde el primer momento que la mezcla "denisovana" en los Melanesios y demás se origina en H. erectus y que me suelen gustar más las estimaciones antiguas. 3 millones de años es una burrada!

    Pero 2 millones sería consistente con mezcla de H. erectus asiático. Ahora bien, tenemos el caso del misterioso H. floresiensis, que según algunos es pre-erectus (y por lo tanto pre-Homo). A saber!

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  2. Es cierto que esas fechas son muy antiguas y los erectus se expandieron a Asia hace menos de 2 millones de años.

    Otra posibilidad es que los erectus se hibridaran con australopitecus, que serían los antepasados de los Hobbits, y luego el alelo pasó a humanos modernos por hibridacion en India con los erectus. Pero también es posible que las fechas estén mal calculadas: ya pasó con un supuesto alelo de orígen neandertal, llamado HAT2 o algo así, que al principio decían que tenia 3 millones de añós y luego otro estudio rebajó las fechas a 60.000.

    He visto los mapas que has puesto del estudio, pondré un enlace a tu web en el post, es una suerte que alguien te haya pasado una copia :)

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  3. Si te has fijado, la copia te la puedes descargar en el link (que intento que sea discreto pero no oculto) que puse en la palabra "copia" ("a copy"). ;)

    Si tienes alguna dificultad, te la paso por correo. No prob.

    Lo que no me han pasado son el mat. suplementario, que imagino que en este caso es importante.

    Yo pienso que la fecha parece disparatada pero no he entendido bien en que se basan de todas maneras, así que de momento me quedo en eso. Las fechas estimadas sólo en base a los genes, suelen no tener ni pies ni cabeza, a pesar de que nos las han metido con calzador.

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  4. Sí, ya me había fijado. Lo que pasa es que la primera tardaba mucho en cargarse y lo dejé para otro rato. A la segunda vez, la página parecía como si hubiera desaparecido.

    Vale, mejor pasamelo por correo :)

    Es una pena que el material suplementario no esté disponible, lo que normalmente no suele pasar.

    "Las fechas estimadas sólo en base a los genes, suelen no tener ni pies ni cabeza, a pesar de que nos las han metido con calzador."

    Pues la verdad es que sí, si el erectus se desplazó hacia Asia SE hace menos de 2 millones de años. Pero ya suele pasar... lo interesante es que han encontrado este gen en la India y Asia del sur. Lo cierto es que parece que allí también vivian erectus, pero curiosamente los indios parecen no tener % de ADN denisovano alguno, deacuerdo con los 2 estudios publicados hasta la fecha, lo que es muy raro...

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