dilluns, 31 d’octubre de 2011

1% de contribució denisovana als asiàtics de l'est

Primer de tot: no em mateu, no m'arrenqueu el cap, no em culpeu si us dic que l'estudi de Reich et. al que va sortir fa poc sobre la contribució denisovana en els melanesis, australians i filipins podria estar equivocada.



Això és el que sembla indicar un altre estudi que ha comparat el genoma dels denisovans amb el de molts grups humans del planeta. Utilitzant uns anàlisis més detallats, l'equip de Matias Jakobsson ha trobat que, molt probablement, encara hauríem d'ampliar més el rang de contribució denisovana.

D'acord amb els autors, el rang hauria d'incloure bona part de les poblacions d'est d'Àsia (Xina, Taiwan, Tailàndia, Japó, etc), perquè mostren una afinitat amb el genoma denisovà que no pot ser deguda a la casualitat, sinó a contribució directa. Aquesta afinitat no s'observa en els europeus, ni asiàtics del sud-oest, ni africans, i curiosament tampoc en els indis americans.

Segons les estimacions, aquest flux gènic hauria tingut lloc fa entre 14.000 i 30.000 anys si acceptem que els indis americans n'han quedat exclosos, i entre 35.000 i 40.000 si realment els indis sí que porten aquesta contribució, però per motius de divergència, falta de mostres, etc, no seria detectable.

Ja ho sé, ja ho sé que això contrasta amb l'estudi d'en Reich, que predeia un 0% de contribució fora d'Oceania, però què voleu que hi faci, la ciència és així, i aquests autors han trobat que un model de només encreuament amb els neandertals no funciona del tot bé amb els asiàtics del sud-est.

De totes maneres, tampoc no n'hi ha per tant, si tenim en compte que la contribució estimada dels denisovans a aquest grup és gairebé negligible: al voltant de l'1%, tot i que m'agradaria remarcar que un 1% de la població que té la Xina ja és molta gent, molta més de la que els denisovans haurien pogut somiar mai.



Una altra possible explicació seria flux gènic des d'Oceania, però en la meva opinió el més normal i esperable és que aquest 1% acabés apareguent tard o d'hora, perquè d'altra banda els models migratorials i extingacionals dels arcaics i dels moderns a l'Àsia quedarien massa complicats i surrealistes.

En fi, ja m'imagino que en Hawks deu estar ballant en pilotes la cançó de la Lucy acompanyat del seu mestre Wolpoff i els foradafricanistes "durs" estovats amb febre al sofà.

Font:

http://www.pnas.org/content/early/2011/10/24/1108181108.full.pdf


(ACLARIMENT IMPORTANT: un 1% NO es nota, per tant no aneu buscant arcs superciliars marcats als cantants de manga japonès ni bonys occipitals als perruquers xinesos, etc, de bon rotllo).

5 comentaris:

  1. I mentioned here (albeit in small type):

    "In the same table S8.2 French, Han and Cambodians (and only them) also appear to show some admixture with Denisovans, though maybe a third or fourth of that of Melanesians".

    This would be roughly consistent (1/4 or 1/5) with what is claimed in this paper for SE Asians and could be consistent withe the HLA*A11 alleged introgression from Erectus/Denisovans. However it is in direct contradiction with Reich 2011 that "demonstrated" ZERO Deisovan admixture this side of Wallace Line (except Filipino Negritos).

    Not sure what to think.

    ResponElimina
  2. Hola Maju! (un detallito: te has dado cuenta que has escrito en inglés? jajaja a mi también me pasa, que a veces no sé ni en qué idioma estoy escribiendo, pero no pasa nada, puedes escribir en el idioma que te venga de gusto :))

    También tengo en mente que el "paper" anterior encontró ese pequeño % en los chinos y cambodianos, pero, y los franceses!??! En el actual no han encontrado nada de denisovano, en los europeos.

    Conincido contingo en que el paper es un asco: no entiendo absolutamente nada, ni los mapas ni las tablas. No entiendo por qué dicen que los indios americanos no llevan ese %, y luego aparecen poblaciones de suramérica marcadas de color naranja. Tampoco no entiendo por qué los africanos son más denisovanos que los eurasiáticos occidentales, ni por qué hay una parte de Australia que sale pintada de color naranja (estoy intentando poner los mapas aquí para que todo el mundo lo entienda).

    Por otra parte, lo encuentro predecible, es decir, que es esperable que ese 1% aparezca en Asia del sureste (lo que es raro es que no haya casi nada o nada en la India ni en Siberia, donde vivieron estos hominidos).

    Pero como te digo, no entiendo casi nada. Y otra cosa que me ha llamado mucho la atención, y es que dicen que los asiáticos de este son mucho más proximos a los denisovanos que a los neandertales (!!) algo que no debería ser así si los % están bien calculados.

    Que desmadre... necesito un mapa xD

    ResponElimina
  3. "te has dado cuenta que has escrito en inglés?"

    Honestamente, no. Mis disculpas. Me pasa de cuando en cuando.

    Lo de Australia tiene sentido puesto que no hay muestras (en este estudio) y es por tanto una proyección delo de Nueva Guinea, un accidente de la forma de trazar las isoclinas.

    Respecto a los Franceses, en el mat. sup. (tabla S3) son los que salen más altos de los no orientales:

    Tujia 0.526258763544
    French 0.525880906856
    Tu 0.525855109412


    Pero no sé lo que quiere decir, puesto que la "average frequency of the Denisova allele" varía entre 0,519 y 0,534 - vamos: que no veo diferencia apreciable alguna (51,9% vs 53,4% - qué diferencia sutil es ésta?)

    Extrañamente, los camboyanos y los chinos han, que eran mis sospechosos, dan relativamente bajo. Pero no sé qué pensar porque hacen otros tests y comparaciones y todo se vuelve muy denso y confuso. Reich era mucho más claro en mi opinión.

    "lo que es raro es que no haya casi nada o nada en la India ni en Siberia, donde vivieron estos hominidos"

    No sabes si vivieron en la India. Yo pienso que Denisova era una población híbrida de H. erectus y neandertales, y que su aportación genética representa una mezcla con H. erectus en Asia SE (y debe ser dividida por dos para evitar redundancia con la mezcla neandertal compartida por todos los pueblos eurasiáticos y derivados).

    ResponElimina
  4. Es cierto que la frequencia es muy pequeña, y que por ejemplo, los indios suramericanos tienen un % similar al de los asiaticos del SE (mapa 2) y los africanos y europeos son más denisovanos que los pakistanies y los indios, algo que sorprende.

    Aun así, es bastante casualidad que los % más altos aparezcan en el SE asiático y no en cualquier otra parte. Es posible que los cruces se dieran en esa zona, y luego la población del continente padeciera varias oleadas que nuevos inmigrantes que diluyeron ese % mucho más que en PNG.

    De todas maneras, estoy impaciente para conocer la respuesta de Reich et al.

    "No sabes si vivieron en la India. "

    Tengo entendido que allí aun vivian hominidos arcaicos cuando llegaron los humanos modernos hace más de 70.000 años. La India es un continente poco explorado y que aun podria dar alguna sorpresa.

    ResponElimina
  5. Lo de África es, entiendo, un efecto del método y debe considerarse como 'baseline zero' en cualquier caso. Ten en cuenta que en algunas de esas comparaciones lo que realmente se compara es mezcla "denisovana" con mezcla neandertal, para lo que los africanos son totalmente neutros.

    En India hay un homínino, representado sólo por un cráneo parcial mal datado, Hathnora (o a veces "Narmada hominin"), que recuerda a los neandertales quizá y podría ser un pariente suyo (derivado de Homo heidelbergensis). Pero esto no concuerda bien a mi entender con las características de Denisova, ya que su mtDNA divergió de la raíz común Homo mucho antes que los linajes neandertales y nuestros.

    El mtDNA de "Denisova" debe casi necesariamente ser un linaje de H. erectus/georgicus. Como su DNA autosómico es algo (pero no muy) próximo a los neandertales, yo estimo que son un híbrido de H. erectus y H. neanderthalensis y que por tanto las estimaciones de mezcla de "Denisova" deben de ser consideradas mezcla de H. erectus y neandertal. En un momento dado estimé que 50-50 o casi, por tanto dividir por dos.

    Esto explica bien por qué la mezcla de "Denisova" se concentra en esa región, porque la mayoría de los ancestros de las gentes de Asia del Sur (India-plus) y Eurasia Occidental nunca estuvieron en Asia Oriental (o no por tiempo suficiente para absorber mucha mezcla).

    Todo se explica bien si aceptamos que Denisova es lo que tenemos para estimar la mezcla de H. erectus, el cual hoy por hoy está sin estudiar en lo genético (con esta excepción que tanta confusión crea). H. erectus sólo vivía en Asia Oriental, desde Flores hasta Mongolia, cerca de Altai (Denisova).

    ResponElimina