És el que he trobat en un abstract de l'ASHG 2012 (American society of human genetics) i m'ha cridat l'atenció, perquè fins ara la introgressió amb aquests cosins germans nostres s'havia relacionat amb conceptes com ara fortalesa, millora del sistema immunològic, i millora de l'espècie en general. Però sembla que aquestes coses només passen a la tele i a la ment d'alguns escriptors amb molta imaginació:
Analysis of contributions of archaic genome and their functions in modern non-Africans. Y. Hu1, Q. Ding1, Y. Wang1, H. Zheng1, L. Jin1,2
1) MOE Key Laboratory of Contemporary Anthropology, School of Life
Sciences and Institutes of Biomedical Sciences, Fudan University,
Shanghai 200433, China; 2) Chinese Academy of Sciences and Max Planck
Society (CAS-MPG) Partner Institute for Computational Biology, Shanghai
Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences,
Shanghai 200031, People’s Republic of China.
Archaic hominin admixture with modern non-Africans was detected by
genome wide analysis of Neanderthal and Denisovan individuals. Compared
with Africans, non-Africans share excess derived alleles with
Neanderthals. Especially, Europeans and East Asians are similarly
related to Neanderthals, suggesting Neanderthal gene flow to Eurasians
before their split. Additional Denisovan admixture was detected in
Melanesian individuals. Several models were subsequently proposed
regarding time and location of admixture events. To gain better
understanding in demographic and evolutionary significance of archaic
hominin admixture, we implemented an algorithm to identify archaic
segments, i.e., carrying locally maximized number of alleles that are
only observed in non-Africans, by analyzing 1K Genome Phase I data.
Totally, we identified 410,683 archaic segments in 909 non-African
individuals with averaged segment length 83,460bp. In the genealogy of
each archaic segment with Neanderthal, Denisovan, African and chimpanzee
segments, 77~81% archaic segment coalesced first with Neanderthal, 4~8%
coalesced first with Denisovan, and 14% coalesced first with neither,
validating the algorithm. Interestingly, a large proportion of all the
archaic segments identified shared 88.9% similarity with Neanderthal,
suggesting a single major admixture with Neanderthal at 82~121kya, right
after the Africa exodus of the ancestors of modern humans. Furthermore,
we found that several disease associated sites with alleles specific to
archaic segments, suggesting a possible contribution of Neanderthal and
Denisovans to human diseases.
Com que l'article sencer no està disponible, no sabem a què es refereixen els autors quan parlen d'aquestes malalties humanes MODERNES (les majúscules són per emfatitzar que els neandertals i denisovans també eren humans, cosa que se'ls oblida sovint). De ben segur que en sentirem a parlar d'aquí poc, mentrestant ens toca especular: alzhèimer? autisme? obesitat? càncer?
Font: Analysis of contributions of archaic genome and their functions in modern non-Africans
Es mostren els missatges amb l'etiqueta de comentaris Introgression. Mostrar tots els missatges
Es mostren els missatges amb l'etiqueta de comentaris Introgression. Mostrar tots els missatges
dimarts, 11 de setembre del 2012
Els neandertals i denisovans ens van passar malalties??
Etiquetes de comentaris:
Denisovans,
Interbreeding,
Introgression,
malalties,
Sistema Immunològic
dimecres, 15 d’agost del 2012
Finalment no som neandertals? Ni tant sols un miserable 2.5%?
La ciència funciona així: apareix una nova teoria que al principi no es creu ningú. Passat un temps, la gent comença a donar-li credibilitat. Al cap d'uns quants mesos més, tothom l'accepta, tot i que els dubtes interiors persisteixen. Després, apareix un estudi que la contradiu. Finalment, si la teoria és correcta, apareixen altres estudis que refuten l'estudi que l'ha posada en dubte.
L'any 2010 ens van dir les autoritats sobre ADN antic, com ara Svante Pääbo i Ed Green, que els no-africans (amerindis, europeus, asiàtics, australians...) portàvem entre un 1-4% d'herència neandertal. Aquesta teoria es basava en ADN antic extret de 3 dones neandertals que van viure a Vindija (Croàcia) fa gairebé 40.000 anys. Al principi, l'estudi va rebre moltes crítiques. Al cap de mig any, van començar a aparèixer altres estudis que donaven credibilitat a aquest primer, i la gent va començar a acceptar que protava un petit percentatge d'herència neandertal, que al final aquells caçadors forçuts no s'havien extingit completament, com ens havien repetit tantes i tantes vegades.
Però aquesta teoria té uns quants punts febles, que fins ara cap estudi no ha sabut explicar. Per exemple:
-Com és que el % és el mateix en tots els no-africans, si els neandertals eren una població que vivia a l'oest d'Euràsia, i mai no van habitar el sud-est asiàtic, on hi vivien altres homínids?
-Per què s'ha trobat ADN neandertal en humans moderns, però en canvi som incapaços de trobar ADN modern en neandertals?
-Per què no hi ha cap rastre d'ADNmt als europeus que van viure fa més 20.000 anys?
-Per què anatòmicament els africans s'assemblen més als neandertals que els europeus?
-etc.
Un nou estudi s'ha endinsat més profundament en aquest petit % de polimorfismes que apropa els neandertals als no-africans respecte els africans, i han trobat que en realitat no cal fer servir l'encreuament per tal d'explicar aquest 1-4% que observem. Pel contrari, creuen que amb un model desenvolupat per ells mateixos, poden explicar perfectament aquest petit percentatge. Si la població de la qual són descendents els no-africans era inicialment més propera a la població ancestral que va migrar fora d'Àfrica fa més de 500.000 anys i que va originar els neandertals, i que després aquesta població que va romandre a l'Àfrica es va barrejar amb una altra població africana però sense que les diferències desapareguéssin completament, i després, fa 50-90.000 anys, la població que va abandonar el continent africà -us heu perdut o encara em seguiu?- conservava un major % d'aquests gens compartits amb els neandertals, aleshores podríem explicar perfectament aquest 1-4%. Però hi ha alguns problemes...
-Per què aquest petit % només apareix en els no-africans, que CURIOSAMENT van tenir l'oportunitat d'estar en contacte amb els neandertals?
-Com s'explicaria que l'haplotip B006 i altres, que semblen heretats dels neandertals, apareguin gairebé exclusivament només en no-africans?
-Com és possible que sent dues poblacions d'homínids relativament properes, i havent conviscut durant milenis, els neandertals no hagin pogut deixar ni una petita marca a l'ADN dels seus successors?
Ningú no assegura que aquest model sigui el correcte. Segons els mateixos autors, encara que diguin que poden explicar gran part d'aquest 1-4% sense contemplar cap tipus d'encreuament, no es pot descartar un petit % de contribució neandertal. Però, com de petit? I encara més: com podem estar segurs que els denisovans també van fer una contribució de prop del 7% ens els melanesis i poblacions afins? I en els africans, on ni tant sols conservem evidència fòssil de poblacions ancestrals que podrien haver-se encreuat amb els avantpassats dels africans actuals?
De moment, ens toca esperar, perquè simultàniament a aquest estudi, n'ha sortit un altre dels coneguts Dr. Reich i Pääbo, que fins i tot s'ha atrevit a datar quan fa que es va produir l'encreuament: entre 47.000 i 65.000 anys, una data bastant recent, tenint en compte que hi ha evidència arqueològica i fòssil que la sortida d'Àfrica es podria haver produït molt abans, fa més de 90.000 anys. Hi va haver diversos intents fallits?
EDITAT I: Fa dos dies que estic esperant que en Hawks faci algun comentari al seu blog sobre aquest estudi i finalment l'ha fet. Amb aires de superioritat, però l'ha fet. El més interessant del comentari d'en Hawks és un gràfic sobre l'Ötzi, el famós esquiador dels Alps que va morir fa més de 5.300 anys. I sembla que pel que fa a l'ADN neandertal, el famós tirolès hi tindria alguna cosa a dir. En Hawks ens ha revelat informació que publicarà en un nou estudi sobre els orígens de l'home de gel -perquè no malgastem en va el nostre temps pensant teories sense solta ni volta-, i és que quan s'hi posen, a alguns antropòlegs els hi enfonsaries el barret fins a la barbeta.
L'Otzi (el rectangle petit de color vermell) sembla portar un % d'ADN neandertal més elevat que el de qualsevol persona vivent: fins a un 5.5%, mentre que en europeus i asiàtics el % es mou al voltant del 3%. Les conclusions de l'equip d'en Hawks són immediates: les poblacions del paleolític superior portaven un % de neandertalitat superior a les actuals; per tant, el que ha passat és que aquestes poblacions -les de l'època de l'Otzi incloses- han estat substituïdes per unes altres que no van tenir més contacte amb els neandertals que els asiàtics de l'est.
Les meves, no són tant clares: en cas de ser cert, això és terrible. És abominable. Estem parlant d'un genocidi que va tenir lloc a tot Europa fa només 5.000 anys que va acabar substituïnt gairebé completament les poblacions pre-existents. El pitjor de tot és que amb 40.000 anys n'hi podrien haver hagut uns quants, de genocidis d'aquests.
Hi ha coses que no acaben d'encaixar: per exemple, si els europeus actuals son descendents de gent de l'orient mitjà, com és que el % no és superior al dels asiàtics de l'est, si a l'orient mitjà també hi havia neandertals? Quin sentit té, tot plegat? El que em fa més por és que en Hawks tingui raó, i ens estiguem enfrontant a un passat esgarrifós. Sigui com sigui, estaria bé comprovar si l'Otzi està sol a la banda dreta del gràfic o no: fa poc l'ADN d'uns quants pre-neolítics de la península ibèrica i d'escandinàvia d'uns 7.000 anys es va seqüenciar amb uns resultats dubtosos: resulta que aquests individus portaven un 10% d'herència mig bosquimana mig siberiana que no acabava d'encaixar enlloc, i que semblava com si els programes s'haguéssin tornat bojos: podria tenir alguna cosa amb el 5,5% de l'Otzi?
Fonts:
-Effect of ancient population structure on the degree of polymorphism shared between modern human populations and ancient hominins
-The date of interbreeding between Neandertals and modern humans
-Neandertal ancestry "Iced"
L'any 2010 ens van dir les autoritats sobre ADN antic, com ara Svante Pääbo i Ed Green, que els no-africans (amerindis, europeus, asiàtics, australians...) portàvem entre un 1-4% d'herència neandertal. Aquesta teoria es basava en ADN antic extret de 3 dones neandertals que van viure a Vindija (Croàcia) fa gairebé 40.000 anys. Al principi, l'estudi va rebre moltes crítiques. Al cap de mig any, van començar a aparèixer altres estudis que donaven credibilitat a aquest primer, i la gent va començar a acceptar que protava un petit percentatge d'herència neandertal, que al final aquells caçadors forçuts no s'havien extingit completament, com ens havien repetit tantes i tantes vegades.
Però aquesta teoria té uns quants punts febles, que fins ara cap estudi no ha sabut explicar. Per exemple:
-Com és que el % és el mateix en tots els no-africans, si els neandertals eren una població que vivia a l'oest d'Euràsia, i mai no van habitar el sud-est asiàtic, on hi vivien altres homínids?
-Per què s'ha trobat ADN neandertal en humans moderns, però en canvi som incapaços de trobar ADN modern en neandertals?
-Per què no hi ha cap rastre d'ADNmt als europeus que van viure fa més 20.000 anys?
-Per què anatòmicament els africans s'assemblen més als neandertals que els europeus?
-etc.
Un nou estudi s'ha endinsat més profundament en aquest petit % de polimorfismes que apropa els neandertals als no-africans respecte els africans, i han trobat que en realitat no cal fer servir l'encreuament per tal d'explicar aquest 1-4% que observem. Pel contrari, creuen que amb un model desenvolupat per ells mateixos, poden explicar perfectament aquest petit percentatge. Si la població de la qual són descendents els no-africans era inicialment més propera a la població ancestral que va migrar fora d'Àfrica fa més de 500.000 anys i que va originar els neandertals, i que després aquesta població que va romandre a l'Àfrica es va barrejar amb una altra població africana però sense que les diferències desapareguéssin completament, i després, fa 50-90.000 anys, la població que va abandonar el continent africà -us heu perdut o encara em seguiu?- conservava un major % d'aquests gens compartits amb els neandertals, aleshores podríem explicar perfectament aquest 1-4%. Però hi ha alguns problemes...
-Per què aquest petit % només apareix en els no-africans, que CURIOSAMENT van tenir l'oportunitat d'estar en contacte amb els neandertals?
-Com s'explicaria que l'haplotip B006 i altres, que semblen heretats dels neandertals, apareguin gairebé exclusivament només en no-africans?
-Com és possible que sent dues poblacions d'homínids relativament properes, i havent conviscut durant milenis, els neandertals no hagin pogut deixar ni una petita marca a l'ADN dels seus successors?
Ningú no assegura que aquest model sigui el correcte. Segons els mateixos autors, encara que diguin que poden explicar gran part d'aquest 1-4% sense contemplar cap tipus d'encreuament, no es pot descartar un petit % de contribució neandertal. Però, com de petit? I encara més: com podem estar segurs que els denisovans també van fer una contribució de prop del 7% ens els melanesis i poblacions afins? I en els africans, on ni tant sols conservem evidència fòssil de poblacions ancestrals que podrien haver-se encreuat amb els avantpassats dels africans actuals?
De moment, ens toca esperar, perquè simultàniament a aquest estudi, n'ha sortit un altre dels coneguts Dr. Reich i Pääbo, que fins i tot s'ha atrevit a datar quan fa que es va produir l'encreuament: entre 47.000 i 65.000 anys, una data bastant recent, tenint en compte que hi ha evidència arqueològica i fòssil que la sortida d'Àfrica es podria haver produït molt abans, fa més de 90.000 anys. Hi va haver diversos intents fallits?
EDITAT I: Fa dos dies que estic esperant que en Hawks faci algun comentari al seu blog sobre aquest estudi i finalment l'ha fet. Amb aires de superioritat, però l'ha fet. El més interessant del comentari d'en Hawks és un gràfic sobre l'Ötzi, el famós esquiador dels Alps que va morir fa més de 5.300 anys. I sembla que pel que fa a l'ADN neandertal, el famós tirolès hi tindria alguna cosa a dir. En Hawks ens ha revelat informació que publicarà en un nou estudi sobre els orígens de l'home de gel -perquè no malgastem en va el nostre temps pensant teories sense solta ni volta-, i és que quan s'hi posen, a alguns antropòlegs els hi enfonsaries el barret fins a la barbeta.
L'Otzi (el rectangle petit de color vermell) sembla portar un % d'ADN neandertal més elevat que el de qualsevol persona vivent: fins a un 5.5%, mentre que en europeus i asiàtics el % es mou al voltant del 3%. Les conclusions de l'equip d'en Hawks són immediates: les poblacions del paleolític superior portaven un % de neandertalitat superior a les actuals; per tant, el que ha passat és que aquestes poblacions -les de l'època de l'Otzi incloses- han estat substituïdes per unes altres que no van tenir més contacte amb els neandertals que els asiàtics de l'est.
Les meves, no són tant clares: en cas de ser cert, això és terrible. És abominable. Estem parlant d'un genocidi que va tenir lloc a tot Europa fa només 5.000 anys que va acabar substituïnt gairebé completament les poblacions pre-existents. El pitjor de tot és que amb 40.000 anys n'hi podrien haver hagut uns quants, de genocidis d'aquests.
Hi ha coses que no acaben d'encaixar: per exemple, si els europeus actuals son descendents de gent de l'orient mitjà, com és que el % no és superior al dels asiàtics de l'est, si a l'orient mitjà també hi havia neandertals? Quin sentit té, tot plegat? El que em fa més por és que en Hawks tingui raó, i ens estiguem enfrontant a un passat esgarrifós. Sigui com sigui, estaria bé comprovar si l'Otzi està sol a la banda dreta del gràfic o no: fa poc l'ADN d'uns quants pre-neolítics de la península ibèrica i d'escandinàvia d'uns 7.000 anys es va seqüenciar amb uns resultats dubtosos: resulta que aquests individus portaven un 10% d'herència mig bosquimana mig siberiana que no acabava d'encaixar enlloc, i que semblava com si els programes s'haguéssin tornat bojos: podria tenir alguna cosa amb el 5,5% de l'Otzi?
Fonts:
-Effect of ancient population structure on the degree of polymorphism shared between modern human populations and ancient hominins
-The date of interbreeding between Neandertals and modern humans
-Neandertal ancestry "Iced"
Etiquetes de comentaris:
ADN,
ADNmt,
Fora d'Àfrica,
Genoma,
Genoma de l'Otzi,
Interbreeding,
Introgression,
Teories
divendres, 10 d’agost del 2012
A Haplotype at STAT2 Introgressed from Neanderthals and Serves as a Candidate of Positive Selection in Papua New Guinea
Ens trobem davant d'un altre possible exemple de selecció positiva de gens que van arribar a les poblacions modernes des dels neandertals. Un haplotip anomenat N del gen STAT2, que està relacionat amb el sistema immunològic es troba només en no-africans, i mostra elevades similituds amb l'haplotip corresponent del genoma neandertal. Potser el més sorprenent és que, mentre de mitjana no supera el 5% en poblacions eurasiàtiques, entre els melanesis té una freqüència molt més elevada, de més del 50%. Els autors pensen que aquesta freqüència tant elevada no es pot explicar només per efecte de la deriva genètica.
En calcular el temps de divergència entre el haplotip neandertal -que no es troba a l'Àfrica- i el que es troba a les poblacions modernes, s'ha arribat a temps relativament recents (80.000 anys) que indiquen que l'haplotip no es trobava present als avantpassats de neandertals i humans moderns, i en canvi coincideix bastant amb la data de sortida d'Àfrica.
És curiós si més no que només s'hagi seleccionat a favor en els melanesis.
Font: A Haplotype at STAT2 Introgressed from Neanderthals and Serves as a Candidate of Positive Selection in Papua New Guinea
En calcular el temps de divergència entre el haplotip neandertal -que no es troba a l'Àfrica- i el que es troba a les poblacions modernes, s'ha arribat a temps relativament recents (80.000 anys) que indiquen que l'haplotip no es trobava present als avantpassats de neandertals i humans moderns, i en canvi coincideix bastant amb la data de sortida d'Àfrica.
És curiós si més no que només s'hagi seleccionat a favor en els melanesis.
Font: A Haplotype at STAT2 Introgressed from Neanderthals and Serves as a Candidate of Positive Selection in Papua New Guinea
Etiquetes de comentaris:
Introgression,
Melanesis,
Sistema Immunològic
divendres, 27 de juliol del 2012
Més evidència d'interbreeding a l'Àfrica?
L'Àfrica és un continent amb molts de contrastos i caracteritzat sobretot per una història humana inacabable. Malgrat que les condicions climàtiques no siguin gaire propícies per conservar fòssils, evidència indirecta indica que allà hi han (con)viscut diverses espècies d'homínids.
La notícia ja va sortir fa temps: analitzant genomes de diferents poblacions africanes, es va trobar un possible aport arcaic de l'1% que va "introgressar" fa uns 35.000 anys. Aquestes xifres tant exactes han estat discutides, desacreditades i venerades segons el cas, per molts interessats en la matèria.
I és que el principal problema que tenim és la falta de fòssils i l'existència d'estudis previs que han predit introgressió i després ha resultat que estaven equivocats. El present estudi també presenta un inconvenient molt gran perquè el pugui comentar correctament: és de pagament, i com és habitual amb la base de dades Science Direct, ni tant sols es pot accedir al material suplementari; una gran desgràcia en un estudi que es basa en models estadístics complexos que són impossibles d'entendre llegint només el resum.
Els autors han analitzat més del 60% dels genomes de 5 individus de cadascuna de 3 poblacions africanes genèticament famoses: els pigmeus, els hadza i els sandawe. Han identificat 13.4 milions de variants, algunes de les quals són noves. S'ha trobat evidència d'introgressió en tots tres casos, però no s'especifica ni l'edat, ni el percentatge, ni la freqüència. Potser el més interessant és la identificació de molts de loci -relacionats amb la introgressió o no?- amb valor adaptatiu, els quals inclouen gens relacionats amb la immunitat, el metabolisme, gust i olfacte, cicatrització de ferides i reproducció. En els pigmeus, a més, s'han indentificat variants molt diferenciades al cromosoma 3 i implicades en l'alçada.
Això és tot el que puc dir de moment... quan m'arribi l'article sencer o el material suplementari, actualitzaré l'entrada.
Font: Evolutionary History and Adaptation from High-Coverage Whole-Genome Sequences of Diverse African Hunter-Gatherers
La notícia ja va sortir fa temps: analitzant genomes de diferents poblacions africanes, es va trobar un possible aport arcaic de l'1% que va "introgressar" fa uns 35.000 anys. Aquestes xifres tant exactes han estat discutides, desacreditades i venerades segons el cas, per molts interessats en la matèria.
I és que el principal problema que tenim és la falta de fòssils i l'existència d'estudis previs que han predit introgressió i després ha resultat que estaven equivocats. El present estudi també presenta un inconvenient molt gran perquè el pugui comentar correctament: és de pagament, i com és habitual amb la base de dades Science Direct, ni tant sols es pot accedir al material suplementari; una gran desgràcia en un estudi que es basa en models estadístics complexos que són impossibles d'entendre llegint només el resum.
Això és tot el que puc dir de moment... quan m'arribi l'article sencer o el material suplementari, actualitzaré l'entrada.
Font: Evolutionary History and Adaptation from High-Coverage Whole-Genome Sequences of Diverse African Hunter-Gatherers
Etiquetes de comentaris:
ADN,
Àfrica,
Genoma,
Introgression,
Sistema Immunològic
divendres, 20 de gener del 2012
Global genetic variation at OAS1 provides evidence of archaic admixture in Melanesian populations
PUNYETA! Me'n volia anar a dormir! Tinc son! Que demà m'haig de llevar d'hora!! Per què no em deixen anar a dormir, els denisovans!? Per què, per què he hagut de dir "va, escriu amb un moment mbe oxfordjournals al Google a veure si hi ha res d'interessant i sinó, que és el més probable, vést-te'n a dormir" i PATAPAM! em trobo amb aquest article (nooooo és de pagament, per què, per què, ja podrien haver-lo posat en Open Access, com el del B006).

Gràcies al genoma en perfectes condicions de la Senyora X (Siberia, fa 40.000 anys) s'han pogut detectar nous indicis d'hibridació que es consoliden als melanesis de l'est d'Indonèsia i Melanèsia: res que no sapiguessim. El que passa és que hi ha dades molt interessants (copio el resum sencer):
"Recent analysis of DNA extracted from two Eurasian forms of archaic human show that more genetic variants are shared with humans currently living in Eurasia than with anatomically modern humans in sub-Saharan Africa. While these genome-wide average measures of genetic similarity are consistent with the hypothesis of archaic admixture in Eurasia, analyses of individual loci exhibiting the signal of archaic introgression are needed to test alternative hypotheses and investigate the admixture process. Here, we provide a detailed sequence analysis of the innate immune gene, OAS1, a locus with a divergent Melanesian haplotype that is very similar to the Denisova sequence from the Altai region of Siberia. We re-sequenced a 7 kb region encompassing the OAS1 gene in 88 individuals from 6 Old World populations (San, Biaka, Mandenka, French Basque, Han Chinese, and Papua New Guineans) and discovered previously unknown and ancient genetic variation. The 5' region of this gene has unusual patterns of diversity, including 1) higher levels of nucleotide diversity in Papuans than in sub-Saharan Africans, 2) very deep ancestry with an estimated time to the most recent common ancestor of >3 million years, and 3) a basal branching pattern with Papuan individuals on either side of the rooted network. A global geographic survey of >1500 individuals showed that the divergent Papuan haplotype is nearly restricted to populations from eastern Indonesia and Melanesia. Polymorphic sites within this haplotype are shared with the draft Denisova genome over a span of ∼90 kb and are associated with an extended block of linkage disequilibrium, supporting the hypothesis that this haplotype introgressed from an archaic source that likely lived in Eurasia. "
INTERESSANTÍSSIM. I el millor de tot: què passara demà? No sé si podré dormir... bona nit!
La font, que me n'oblido:
http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2012/01/13/molbev.msr301.short?rss=1
Afortunadament en Maju del For what they were... we are ha obtingut una còpia de l'estudi i ha penjat un parell d'imatges molt interessants al seu blog. Feu clic aquí per llegir l'entrada.
Pel que sembla, aquest gen també es troba a molt baixa frequència a la Índia i sud asiàtic, on sabem que també hi vivien erectus, però no a l'Àsia de l'est. Com que la data de 3 milions d'anys sobrepassa la migració erectusiana fora d'Àfrica, que va tenir lloc en fa 2, ja hi ha gent que proposa que en realitat el gen el van passar.... els Hòbbits, que algú ha suggerit que podrien ser Australopitecins. Sí senyor, l'evolució humana és increïble.

Gràcies al genoma en perfectes condicions de la Senyora X (Siberia, fa 40.000 anys) s'han pogut detectar nous indicis d'hibridació que es consoliden als melanesis de l'est d'Indonèsia i Melanèsia: res que no sapiguessim. El que passa és que hi ha dades molt interessants (copio el resum sencer):
"Recent analysis of DNA extracted from two Eurasian forms of archaic human show that more genetic variants are shared with humans currently living in Eurasia than with anatomically modern humans in sub-Saharan Africa. While these genome-wide average measures of genetic similarity are consistent with the hypothesis of archaic admixture in Eurasia, analyses of individual loci exhibiting the signal of archaic introgression are needed to test alternative hypotheses and investigate the admixture process. Here, we provide a detailed sequence analysis of the innate immune gene, OAS1, a locus with a divergent Melanesian haplotype that is very similar to the Denisova sequence from the Altai region of Siberia. We re-sequenced a 7 kb region encompassing the OAS1 gene in 88 individuals from 6 Old World populations (San, Biaka, Mandenka, French Basque, Han Chinese, and Papua New Guineans) and discovered previously unknown and ancient genetic variation. The 5' region of this gene has unusual patterns of diversity, including 1) higher levels of nucleotide diversity in Papuans than in sub-Saharan Africans, 2) very deep ancestry with an estimated time to the most recent common ancestor of >3 million years, and 3) a basal branching pattern with Papuan individuals on either side of the rooted network. A global geographic survey of >1500 individuals showed that the divergent Papuan haplotype is nearly restricted to populations from eastern Indonesia and Melanesia. Polymorphic sites within this haplotype are shared with the draft Denisova genome over a span of ∼90 kb and are associated with an extended block of linkage disequilibrium, supporting the hypothesis that this haplotype introgressed from an archaic source that likely lived in Eurasia. "
INTERESSANTÍSSIM. I el millor de tot: què passara demà? No sé si podré dormir... bona nit!
La font, que me n'oblido:
http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2012/01/13/molbev.msr301.short?rss=1
Afortunadament en Maju del For what they were... we are ha obtingut una còpia de l'estudi i ha penjat un parell d'imatges molt interessants al seu blog. Feu clic aquí per llegir l'entrada.
Pel que sembla, aquest gen també es troba a molt baixa frequència a la Índia i sud asiàtic, on sabem que també hi vivien erectus, però no a l'Àsia de l'est. Com que la data de 3 milions d'anys sobrepassa la migració erectusiana fora d'Àfrica, que va tenir lloc en fa 2, ja hi ha gent que proposa que en realitat el gen el van passar.... els Hòbbits, que algú ha suggerit que podrien ser Australopitecins. Sí senyor, l'evolució humana és increïble.
Etiquetes de comentaris:
Australopitecins,
Denisovans,
Hòbbits,
Interbreeding,
Introgression,
Sistema Immunològic
dimarts, 10 de gener del 2012
Explorant genèticament l'Homo denisova
Fa dies vaig tenir notícia d'un altre paper sobre l'introgressió dels arcaics com ara els neandertals i denisovans i la seva relació amb els humans moderns.
Per llegir-lo, feu clic aquí (pdf, anglès).

Amb les seves 43 pàgines, aquest estudi o review es pot coronar com el treball més llarg escrit i publicat fins ara sobre el sexe arcaic i les seves conseqüències. En realitat no diu pràcticament res de nou, o això m'ha semblat, perquè evidentment no me l'he llegit pas tot sencer (m'interessen els arcaics, però primer és la salut) només les conclusions i el resum.
Els autors, entre els quals destaca un tal P.J. Waddell, proposen models alternatius als actuals per explicar l'1-4% i el 4-6% dels no-africans i melanesis, respectivament. Aquests models estan plens d'adverbis com ara "potser" "possiblement" "malgrat que" "curiosament" "però" que indiquen incertesa i desconcert.
No he sabut veure-li la substància; us el deixo a vosaltres a veure si hi trobeu res de més interessant, però això sí, us recomano llegir-lo en algun moment en què estigueu relaxats i terriblement avorrits.
Per llegir-lo, feu clic aquí (pdf, anglès).

Amb les seves 43 pàgines, aquest estudi o review es pot coronar com el treball més llarg escrit i publicat fins ara sobre el sexe arcaic i les seves conseqüències. En realitat no diu pràcticament res de nou, o això m'ha semblat, perquè evidentment no me l'he llegit pas tot sencer (m'interessen els arcaics, però primer és la salut) només les conclusions i el resum.
Els autors, entre els quals destaca un tal P.J. Waddell, proposen models alternatius als actuals per explicar l'1-4% i el 4-6% dels no-africans i melanesis, respectivament. Aquests models estan plens d'adverbis com ara "potser" "possiblement" "malgrat que" "curiosament" "però" que indiquen incertesa i desconcert.
No he sabut veure-li la substància; us el deixo a vosaltres a veure si hi trobeu res de més interessant, però això sí, us recomano llegir-lo en algun moment en què estigueu relaxats i terriblement avorrits.
Etiquetes de comentaris:
ADN,
Denisovans,
Interbreeding,
Introgression
dijous, 29 de desembre del 2011
La fossa glenoidea i l'aparició dels neandertals "progressius"
Al món de l'antropologia tothom sap que hi ha dos tipus de neandertals: els anomenats clàssics i els anomenats progressius. Els clàssics englobaven totes aquelles característiques tant neandertalianes, com són l'absència de mentó, el nas gros, l'espai retromolar, el bony occipital, etc. Aquests vivien a l'extrem oest d'Europa, mentre que els "progressius" es caracteritzaven entre d'altres coses per ser més gràcils i relativament semblants als humans moderns; aquests vivien a l'orient mitjà, i sembla que també, en menor mesura, a l'est d'Europa.

L'estudi de la fossa glenoidea (el cercle de color groc on hi posa GLEN-FOSSA a la imatge) que es troba als nostres omòplats, aquests meravellosos ossos que ens permeten rotar el braç, i que com deia, ens pot donar pistes de l'evolució homínida. Sembla mentida, però un nou estudi suggereix que fins i tot ens podria explicar l'aparició dels neander "progressius".
Els participants són: Vi-209, una neandertal croata de 40.000 anys que ens ha estat de gran ajuda a l'hora de reconstruir el genoma neandertal, individus del Plio-Pleistocè, del Pleistocè tardà i homínids "recents". Amb aquesta mostra tant gran, el que s'observa és un canvi de morfologia gradual des dels Australopitecins fins als humans moderns (H. sapiens), amb els humans arcaics exhibint morfologies intermitges.
Els neandertals es caracteritzen per mostrar una "distribució discontínua" en relació a la morfologia de la fossa glenoidea. Concretament, Vi-209 i els neandertals d'orient mitjà, com ara els coneguts Shanidar i Kebara semblen força propers a la morfologia moderna i alhora es distancien dels seus cosins-germans els neandertals de l'oest (Neandertal 1 i La Ferràssia) i els del mediterrani datats en més de 100.000 anys, com ara Tabun C1 i Krapina.
Els autors diuen que hi ha possibles explicacions per aquestes diferències entre "clàssics" i "progressius", però que a ells els hi sembla més probable el "cavemen sex", és a dir, que d'acord amb les dades paleogenètiques, fa menys de 100.000 anys hi va haver una migració fora d'Àfrica d'humans moderns, i que degut a això els neandertals de l'orient mitjà i també els d'Europa de l'est haurien incorporat material genètic dels africans, cosa que explicaria la seva Fossa Glenoidea. No seria el cas dels neandertals "clàssics" que en estar més cap a l'oest, haurien quedat bastant aïllats d'aquests contactes.
Reconec que és una possible explicació. També n'hi poden haver d'altres, és clar. Ara bé, d'acord amb l'ADN de Vi-209, aquells neandertals croates no semblen portar cap mostra d'ADN d'humà modern, (Green i Pääbo (2010)). Cap, vol dir 0%.
Font:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047248411002260

L'estudi de la fossa glenoidea (el cercle de color groc on hi posa GLEN-FOSSA a la imatge) que es troba als nostres omòplats, aquests meravellosos ossos que ens permeten rotar el braç, i que com deia, ens pot donar pistes de l'evolució homínida. Sembla mentida, però un nou estudi suggereix que fins i tot ens podria explicar l'aparició dels neander "progressius".
Els participants són: Vi-209, una neandertal croata de 40.000 anys que ens ha estat de gran ajuda a l'hora de reconstruir el genoma neandertal, individus del Plio-Pleistocè, del Pleistocè tardà i homínids "recents". Amb aquesta mostra tant gran, el que s'observa és un canvi de morfologia gradual des dels Australopitecins fins als humans moderns (H. sapiens), amb els humans arcaics exhibint morfologies intermitges.
Els neandertals es caracteritzen per mostrar una "distribució discontínua" en relació a la morfologia de la fossa glenoidea. Concretament, Vi-209 i els neandertals d'orient mitjà, com ara els coneguts Shanidar i Kebara semblen força propers a la morfologia moderna i alhora es distancien dels seus cosins-germans els neandertals de l'oest (Neandertal 1 i La Ferràssia) i els del mediterrani datats en més de 100.000 anys, com ara Tabun C1 i Krapina.
Els autors diuen que hi ha possibles explicacions per aquestes diferències entre "clàssics" i "progressius", però que a ells els hi sembla més probable el "cavemen sex", és a dir, que d'acord amb les dades paleogenètiques, fa menys de 100.000 anys hi va haver una migració fora d'Àfrica d'humans moderns, i que degut a això els neandertals de l'orient mitjà i també els d'Europa de l'est haurien incorporat material genètic dels africans, cosa que explicaria la seva Fossa Glenoidea. No seria el cas dels neandertals "clàssics" que en estar més cap a l'oest, haurien quedat bastant aïllats d'aquests contactes.
Reconec que és una possible explicació. També n'hi poden haver d'altres, és clar. Ara bé, d'acord amb l'ADN de Vi-209, aquells neandertals croates no semblen portar cap mostra d'ADN d'humà modern, (Green i Pääbo (2010)). Cap, vol dir 0%.
Font:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047248411002260
Etiquetes de comentaris:
Anatomia,
Australopitecins,
Europa,
Evolució,
Genoma,
Introgression,
Orient Mitjà
divendres, 9 de desembre del 2011
Més introgression amb els arcaics
Alguns antropòlegs es tornen bojos quan senten la paraula introgression. Aquesta paraula gairebé podriem dir que la va inventar en Hawks, i signfica el següent: els arcaics ens van passar -als humans moderns- material genètic avantatjós, és a dir, que va millorar les nostres possibilitats de supervivència i la nostra qualitat de vida.

Tranquils. Encara que hi hagi milions de no-africans que s'estiguin morint de fam, els intogressionistes tenen un grapat de qualitats que no deixen indiferent a ningú, i que segons ells es van veure potenciades, afavorides o directament es van originar després del contacte sexual amb els arcaics. Qualitats com per exemple, la intel·ligència, la parla, la pigmentació clara, els cabells rossos, els ulls blaus o verds, el sistema immunitari, etc. Per què? Per què ens haurien d'haver millorat, els arcaics, ells que es van extingir per culpa d'aquells homenets alts i prims? I els africans, se suposa que n'han quedat exclosos d'aquesta meravella de gens!?
Tant és que, excepte potser al sistema immunitari, no hi hagi absolutament cap evidència que els arcaics ens hagin fet ni més sexys, ni més forts, ni més intel·ligents ni més pèl-roigs ni més bons oradors.
Malgrat tot, hi ha una paraula que es diu tossuderia. Hi ha molts tossuts entre la comunitat antropològica, que no es donen per vençuts, i als quals la idea que la petita porció d'ADN que ens han llegat els arcaics sigui ADN broça no els acaba de convèncer. No, hi ha d'haver alguna cosa més. Aquest és l'exemple d'un tal Wills C., autor d'un article que faria babejar a qualsevol introgressionista. Wills C. no ha fet cap descoberta, només ha proposat que aquesta introgression podria existir, i que cal començar a buscar-ne els indicis com més aviat millor.
Bah.
Font:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22099691

Tranquils. Encara que hi hagi milions de no-africans que s'estiguin morint de fam, els intogressionistes tenen un grapat de qualitats que no deixen indiferent a ningú, i que segons ells es van veure potenciades, afavorides o directament es van originar després del contacte sexual amb els arcaics. Qualitats com per exemple, la intel·ligència, la parla, la pigmentació clara, els cabells rossos, els ulls blaus o verds, el sistema immunitari, etc. Per què? Per què ens haurien d'haver millorat, els arcaics, ells que es van extingir per culpa d'aquells homenets alts i prims? I els africans, se suposa que n'han quedat exclosos d'aquesta meravella de gens!?
Tant és que, excepte potser al sistema immunitari, no hi hagi absolutament cap evidència que els arcaics ens hagin fet ni més sexys, ni més forts, ni més intel·ligents ni més pèl-roigs ni més bons oradors.
Malgrat tot, hi ha una paraula que es diu tossuderia. Hi ha molts tossuts entre la comunitat antropològica, que no es donen per vençuts, i als quals la idea que la petita porció d'ADN que ens han llegat els arcaics sigui ADN broça no els acaba de convèncer. No, hi ha d'haver alguna cosa més. Aquest és l'exemple d'un tal Wills C., autor d'un article que faria babejar a qualsevol introgressionista. Wills C. no ha fet cap descoberta, només ha proposat que aquesta introgression podria existir, i que cal començar a buscar-ne els indicis com més aviat millor.
Bah.
Font:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22099691
Etiquetes de comentaris:
Arcaics,
Interbreeding,
Introgression,
Sistema Immunològic
dijous, 8 de setembre del 2011
Milers d'encreuaments amb els arcaics?
El genetista Michael F. Hammer va publicar un estudi molt recentment, on analitzant genomes de diferents poblacions africanes, arribava a la conclusió que s'havien encreuat amb uns humans arcaics que van viure al centre d'Àfrica fa 35.000 anys, i que els haurien llegat aproximadament el 2% dels gens.

Aquest mateix genetista va dir el següent en una entrevista:
"Pensem que probablement hi van haver milers d'encreuaments; era una cosa relativament freqüent i que passava de manera extensiva".
Arribats en aquest punt, un es pregunta què vol dir exactament la paraula "milers" en aquest context: que milers d'arcaics van tenir descendència amb humans moderns? Que els moderns es van trobar milers de vegades amb altres grups d'arcaics amb els quals van tenir descendència fèrtil? Que aquests "milers" haurien tingut lloc en un espai de temps molt ampli i haurien afectat gran part de la població mundial?
Aquesta frase segur que ha causat una forta erecció en més d'un multirregionalista, el problema és: i l'evidència prové de... ?? Sense genomes de més arcaics i només utilitzant models computacionals com ha fet Hammer és gairebé impossible estar segur de res. Del que n'estem més segurs, a nivell genètic i morfològic, és:
-Qualsevol antropòleg pot distingir perfectament entre un humà modern de qualsevol part del planeta i un humà arcaic. Al mateix temps, els humans moderns són molt més similars entre sí que no pas qualsevol d'ells als arcaics.
-Les diferències genètiques van començar a aparèixer fa relativament poc (menys de 100.000 anys) entre, per exemple, europeus i asiàtics. Si hi hagués hagut continuïtat esperaríem trobar diferències molt més marcades.
-L'ADNmt i el cromosoma Y dels arcaics són molt estranys en la població moderna per no dir inexistents del tot.

Per tant, amb tota aquesta evidència a la mà, el més plausible és que si bé hi podrien haver hagut molts d'encreuaments, la immensa majoria han estat d'allò que se'n diu negligibles (volia dir menyspreables però quedava massa dur).

Aquest mateix genetista va dir el següent en una entrevista:
"Pensem que probablement hi van haver milers d'encreuaments; era una cosa relativament freqüent i que passava de manera extensiva".
Arribats en aquest punt, un es pregunta què vol dir exactament la paraula "milers" en aquest context: que milers d'arcaics van tenir descendència amb humans moderns? Que els moderns es van trobar milers de vegades amb altres grups d'arcaics amb els quals van tenir descendència fèrtil? Que aquests "milers" haurien tingut lloc en un espai de temps molt ampli i haurien afectat gran part de la població mundial?
Aquesta frase segur que ha causat una forta erecció en més d'un multirregionalista, el problema és: i l'evidència prové de... ?? Sense genomes de més arcaics i només utilitzant models computacionals com ha fet Hammer és gairebé impossible estar segur de res. Del que n'estem més segurs, a nivell genètic i morfològic, és:
-Qualsevol antropòleg pot distingir perfectament entre un humà modern de qualsevol part del planeta i un humà arcaic. Al mateix temps, els humans moderns són molt més similars entre sí que no pas qualsevol d'ells als arcaics.
-Les diferències genètiques van començar a aparèixer fa relativament poc (menys de 100.000 anys) entre, per exemple, europeus i asiàtics. Si hi hagués hagut continuïtat esperaríem trobar diferències molt més marcades.
-L'ADNmt i el cromosoma Y dels arcaics són molt estranys en la població moderna per no dir inexistents del tot.
Per tant, amb tota aquesta evidència a la mà, el més plausible és que si bé hi podrien haver hagut molts d'encreuaments, la immensa majoria han estat d'allò que se'n diu negligibles (volia dir menyspreables però quedava massa dur).
Etiquetes de comentaris:
ADN,
Àfrica,
Híbrids,
Interbreeding,
Introgression,
Sexe
dijous, 2 de juny del 2011
[Wolpoff] La reconstrucció de la Ferràssia més dolenta que s'ha vist mai.
Made in Milford Wolpoff. Ja ho sabem, va néixer multirregionalista, i morirà multirregionalista. Encara que un tsunami s'emporti casa seva, encara que la E.coli germànica provoqui febres enterohemorràgiques als seus intestins expandits, encara que es trobi lligat i amordassat en una cadira elèctrica.
Respecto molt la seva voluntat, ara bé, el que no es pot permetre és que faci aquestes reconstruccions tant enterohemorràgiques que només mirar-les et sents com si et caigués una descàrrega elèctrica de 10.000 volts, i que en aquell moment només desitgis morir ofegat per una onada gegant:

És que això ja passa de taca d'oli. Que aquell paio de la pàgina del mico furiós es dediqui a fer caricatures com aquesta dels neandertals, encara pot passar, perquè no se'n pot esperar res més, d'ell. Però que un antropòleg reconegut a nivell mundial com és el nostre Milford, faci aquest tipus de reconstruccions carnavalesques, és motiu suficient com per llençar-se de cap al pou. És ben conegut que els neandertals no tenien aquest nas, que els seus nassos s'assemblaven més als dels africans que als dels europeus. També és ben conegut que els neandertals tenien unes mandíbules molt amples, i... la resta de desgràcies d'aquest bust ja no es veuen, queden tapades per aquest barret tant friki, que en Milford devia tenir guardat a l'armari des del dia del seu casament.
El que hi ha a la resta de l'últim "treball" d'en Milford sembla que va d'acord amb aquest estil tan... surrealista. Hi surten els cranis de la Chapelle, un croata de l'edat del bronze i Herto, un etiòpid que ronda els 160.000 anys (ens preguntem si també tenia el 4-5%?):

A en Milford li encanta passejar aquesta imatge per davant dels nostres nassos. Segons ell, les fletxetes serien proves de trets compartits entre els neandertals i europeus actuals. No obstant això, unes línies més avall escriu:
"The first is that Neandertals interbreed with people entering Europe from Africa. Neandertal-derived genes make up, on average at least 4-5% of the genome in Europeans and Asians, (...) It is thought that much of this interbreeding was in the Levant."
És a dir, que malgrat que la neandertalitat dels europeus, Milford reconeix que aquesta neandertalitat no és superior a la d'un lapó, un tasmanià o un indi. I fixeu-vos en l'arrodoniment cap amunt de les xifres. Ara ja no és 1-4%, sinó "com a mínim" 4-5%. Sóc jo, o hi ha quelcom que no encaixa, en els anàlisis del nostre Milford?

Per acabar, perquè no tinc ganes de continuar llegint més pamfletades, hi ha el tema de l'introgression, el preferit del seu deixeble John Hawks, que segurament li deu haver encomanat. Ara tots dos poden presumir de tenir les idees més enterohemorràgiques de tota la comunitat antropològica. Sobre aquest tema, només cal comentar que en Milford mateix va proposar que el FOXP2 trobat a tots els individus neandertals va arribar per introgression des dels humans moderns, o vice-versa. D'evidència, no n'hi ha cap. Bé sí: el sexe mola! Després, en Hawks, veient que els neandertals no eren la font de la microcefalina, ha proposat fa poc que ho podrien ser perfectament els denisovans. I sinó, qualsevol altre archaic, tu. El cas és que hi hagi introgression.
Si voleu veure més imatges impactants, aquí us deixo el paper:
http://journalofcosmology.com/Consciousness161.html
Respecto molt la seva voluntat, ara bé, el que no es pot permetre és que faci aquestes reconstruccions tant enterohemorràgiques que només mirar-les et sents com si et caigués una descàrrega elèctrica de 10.000 volts, i que en aquell moment només desitgis morir ofegat per una onada gegant:

És que això ja passa de taca d'oli. Que aquell paio de la pàgina del mico furiós es dediqui a fer caricatures com aquesta dels neandertals, encara pot passar, perquè no se'n pot esperar res més, d'ell. Però que un antropòleg reconegut a nivell mundial com és el nostre Milford, faci aquest tipus de reconstruccions carnavalesques, és motiu suficient com per llençar-se de cap al pou. És ben conegut que els neandertals no tenien aquest nas, que els seus nassos s'assemblaven més als dels africans que als dels europeus. També és ben conegut que els neandertals tenien unes mandíbules molt amples, i... la resta de desgràcies d'aquest bust ja no es veuen, queden tapades per aquest barret tant friki, que en Milford devia tenir guardat a l'armari des del dia del seu casament.
El que hi ha a la resta de l'últim "treball" d'en Milford sembla que va d'acord amb aquest estil tan... surrealista. Hi surten els cranis de la Chapelle, un croata de l'edat del bronze i Herto, un etiòpid que ronda els 160.000 anys (ens preguntem si també tenia el 4-5%?):

A en Milford li encanta passejar aquesta imatge per davant dels nostres nassos. Segons ell, les fletxetes serien proves de trets compartits entre els neandertals i europeus actuals. No obstant això, unes línies més avall escriu:
"The first is that Neandertals interbreed with people entering Europe from Africa. Neandertal-derived genes make up, on average at least 4-5% of the genome in Europeans and Asians, (...) It is thought that much of this interbreeding was in the Levant."
És a dir, que malgrat que la neandertalitat dels europeus, Milford reconeix que aquesta neandertalitat no és superior a la d'un lapó, un tasmanià o un indi. I fixeu-vos en l'arrodoniment cap amunt de les xifres. Ara ja no és 1-4%, sinó "com a mínim" 4-5%. Sóc jo, o hi ha quelcom que no encaixa, en els anàlisis del nostre Milford?


Per acabar, perquè no tinc ganes de continuar llegint més pamfletades, hi ha el tema de l'introgression, el preferit del seu deixeble John Hawks, que segurament li deu haver encomanat. Ara tots dos poden presumir de tenir les idees més enterohemorràgiques de tota la comunitat antropològica. Sobre aquest tema, només cal comentar que en Milford mateix va proposar que el FOXP2 trobat a tots els individus neandertals va arribar per introgression des dels humans moderns, o vice-versa. D'evidència, no n'hi ha cap. Bé sí: el sexe mola! Després, en Hawks, veient que els neandertals no eren la font de la microcefalina, ha proposat fa poc que ho podrien ser perfectament els denisovans. I sinó, qualsevol altre archaic, tu. El cas és que hi hagi introgression.
Si voleu veure més imatges impactants, aquí us deixo el paper:
http://journalofcosmology.com/Consciousness161.html
Etiquetes de comentaris:
Antropòlegs,
Ciència-Ficció,
Interbreeding,
Introgression,
Reconstruccions
Subscriure's a:
Missatges (Atom)





