Global genetic variation at OAS1 provides evidence of archaic admixture in Melanesian populations

PUNYETA! Me'n volia anar a dormir! Tinc son! Que demà m'haig de llevar d'hora!! Per què no em deixen anar a dormir, els denisovans!? Per què, per què he hagut de dir "va, escriu amb un moment mbe oxfordjournals al Google a veure si hi ha res d'interessant i sinó, que és el més probable, vést-te'n a dormir" i PATAPAM! em trobo amb aquest article (nooooo és de pagament, per què, per què, ja podrien haver-lo posat en Open Access, com el del B006).



Gràcies al genoma en perfectes condicions de la Senyora X (Siberia, fa 40.000 anys) s'han pogut detectar nous indicis d'hibridació que es consoliden als melanesis de l'est d'Indonèsia i Melanèsia: res que no sapiguessim. El que passa és que hi ha dades molt interessants (copio el resum sencer):

"Recent analysis of DNA extracted from two Eurasian forms of archaic human show that more genetic variants are shared with humans currently living in Eurasia than with anatomically modern humans in sub-Saharan Africa. While these genome-wide average measures of genetic similarity are consistent with the hypothesis of archaic admixture in Eurasia, analyses of individual loci exhibiting the signal of archaic introgression are needed to test alternative hypotheses and investigate the admixture process. Here, we provide a detailed sequence analysis of the innate immune gene, OAS1, a locus with a divergent Melanesian haplotype that is very similar to the Denisova sequence from the Altai region of Siberia. We re-sequenced a 7 kb region encompassing the OAS1 gene in 88 individuals from 6 Old World populations (San, Biaka, Mandenka, French Basque, Han Chinese, and Papua New Guineans) and discovered previously unknown and ancient genetic variation. The 5' region of this gene has unusual patterns of diversity, including 1) higher levels of nucleotide diversity in Papuans than in sub-Saharan Africans, 2) very deep ancestry with an estimated time to the most recent common ancestor of >3 million years, and 3) a basal branching pattern with Papuan individuals on either side of the rooted network. A global geographic survey of >1500 individuals showed that the divergent Papuan haplotype is nearly restricted to populations from eastern Indonesia and Melanesia. Polymorphic sites within this haplotype are shared with the draft Denisova genome over a span of ∼90 kb and are associated with an extended block of linkage disequilibrium, supporting the hypothesis that this haplotype introgressed from an archaic source that likely lived in Eurasia. "


INTERESSANTÍSSIM. I el millor de tot: què passara demà? No sé si podré dormir... bona nit!

La font, que me n'oblido:

http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2012/01/13/molbev.msr301.short?rss=1

Afortunadament en Maju del For what they were... we are ha obtingut una còpia de l'estudi i ha penjat un parell d'imatges molt interessants al seu blog. Feu clic aquí per llegir l'entrada.

Pel que sembla, aquest gen també es troba a molt baixa frequència a la Índia i sud asiàtic, on sabem que també hi vivien erectus, però no a l'Àsia de l'est. Com que la data de 3 milions d'anys sobrepassa la migració erectusiana fora d'Àfrica, que va tenir lloc en fa 2, ja hi ha gent que proposa que en realitat el gen el van passar.... els Hòbbits, que algú ha suggerit que podrien ser Australopitecins. Sí senyor, l'evolució humana és increïble.

El primer europeu: comentaris, queixes, dubtes...

L'estrena d'un documental sobre evolució humana és una cosa que certament no passa cada dia. El que s'ha emès avui, dia 6 de gener de 2012 a les 22:06 a TV2 portava el títol de "En busca del primer europeo" és certament singular.



En primer lloc, els dos protagonistes: l'Eudald i un noi d'aspecte informal, tafaner, despistat i bastant desconcertat -aquest ens representava a l'audiència sencera- que li anava fent preguntes del tipus "escolta Eudald, i un termiter què és?" "però Eudald, i per què es van esperar 500.000 anys a anar cap a Europa un cop a Dmanisi?" "però aquests antecessors ja parlaven Eudald?" "però si neandertals i sapiens van coexistir 10.000 anys, potser es van trobar no? I es van conèixer?" i semblants.

Els rumors no enganyaven: la fotografia és maca, i l'Eudald sempre en té alguna per fer-nos riure, ja sigui ensenyant-nos pèsols florits, menjant formigues del termiter tal com ho feien els mateixos afarensis fa més de 3,5 milions d'anys, i presentar-nos la indústria lítica d'aquesta manera (agafa dues eines) i diu: d'aquí fins aquí han hagut de passar 3,5 milions d'anys (agafa un ipod i una eina de l'època del magdalenià) i d'aquí a aquí, 15.000 anys. Sempre únic, amb l'Eudald no ens avorririem mai!

Carles Lalueza hi surt, efectivament, però 30 segons: explica el 2%, ensenya una pantalla amb muntanyetes de colors incomprensible pel nostre jove co-protagonista i l'audiència en general, i s'ha acabat la funció.

En general, però, força bé, sobretot a la part pre-sàpiens; després les coses s'han començat a complicar: l'inici de l'Homo sapiens ha començat, com no podia ser de cap altra manera, entremig d'un campament de bosquimans, enfeinats amb les seves tasques quotidianes, com ara la caça i recol·lecció, dels quals en deien coses com ara "són els representats més propers als primers Homo sapiens, és a dir, els seus avantpassats són els nostres" "viuen en aquesta regió des de fa més de 100.000 anys". Penso que si els bosquimans cobressin les visites de tots els guionistes de documentals d'evolució humana, no els caldria pas anar a caçar ni a collir res.

Després el nostre jove aprenent ha fet la següent pregunta "però, què és el que ens feia diferents dels neandertals"? I ha obtingut com a resposta... les pintures d'Altamira!! perquè "el simbolisme és una característica única que l'Homo sapiens" (callo perquè la diria massa grossa).



Finalment, el documental ha acabat ensenyant europeus passejant pel carrer i arribant a la següent conclusió "fa 3.5 milions d'anys es va iniciar un procés que ha culminat amb nosaltres". No senyors, no, no ha culminat en res!!! No som millors que els habilis, no som més perfectes, no som superiors a ells... però posats a parlar de punts culminants, cal confessar que si n'hi va haver algun, aquest va ser fa 30.000 anys; actualment estem en "caiguda lliure", o sinó què significa aquesta pèrdua del 10% en volum cerebral? Ah, que d'això ja no interessa parlar-ne!

Resumint: el trobo un documental ben parit, entretingut, fotografia maquíssima, Eudald original com sempre, però excessivament eurocèntric (s'oblida de la resta del món i es centra exclusivament en els europeus) i poc innovador en els temes de sempre.

La fossa glenoidea i l'aparició dels neandertals "progressius"

Al món de l'antropologia tothom sap que hi ha dos tipus de neandertals: els anomenats clàssics i els anomenats progressius. Els clàssics englobaven totes aquelles característiques tant neandertalianes, com són l'absència de mentó, el nas gros, l'espai retromolar, el bony occipital, etc. Aquests vivien a l'extrem oest d'Europa, mentre que els "progressius" es caracteritzaven entre d'altres coses per ser més gràcils i relativament semblants als humans moderns; aquests vivien a l'orient mitjà, i sembla que també, en menor mesura, a l'est d'Europa.



L'estudi de la fossa glenoidea (el cercle de color groc on hi posa GLEN-FOSSA a la imatge) que es troba als nostres omòplats, aquests meravellosos ossos que ens permeten rotar el braç, i que com deia, ens pot donar pistes de l'evolució homínida. Sembla mentida, però un nou estudi suggereix que fins i tot ens podria explicar l'aparició dels neander "progressius".

Els participants són: Vi-209, una neandertal croata de 40.000 anys que ens ha estat de gran ajuda a l'hora de reconstruir el genoma neandertal, individus del Plio-Pleistocè, del Pleistocè tardà i homínids "recents". Amb aquesta mostra tant gran, el que s'observa és un canvi de morfologia gradual des dels Australopitecins fins als humans moderns (H. sapiens), amb els humans arcaics exhibint morfologies intermitges.

Els neandertals es caracteritzen per mostrar una "distribució discontínua" en relació a la morfologia de la fossa glenoidea. Concretament, Vi-209 i els neandertals d'orient mitjà, com ara els coneguts Shanidar i Kebara semblen força propers a la morfologia moderna i alhora es distancien dels seus cosins-germans els neandertals de l'oest (Neandertal 1 i La Ferràssia) i els del mediterrani datats en més de 100.000 anys, com ara Tabun C1 i Krapina.

Els autors diuen que hi ha possibles explicacions per aquestes diferències entre "clàssics" i "progressius", però que a ells els hi sembla més probable el "cavemen sex", és a dir, que d'acord amb les dades paleogenètiques, fa menys de 100.000 anys hi va haver una migració fora d'Àfrica d'humans moderns, i que degut a això els neandertals de l'orient mitjà i també els d'Europa de l'est haurien incorporat material genètic dels africans, cosa que explicaria la seva Fossa Glenoidea. No seria el cas dels neandertals "clàssics" que en estar més cap a l'oest, haurien quedat bastant aïllats d'aquests contactes.

Reconec que és una possible explicació. També n'hi poden haver d'altres, és clar. Ara bé, d'acord amb l'ADN de Vi-209, aquells neandertals croates no semblen portar cap mostra d'ADN d'humà modern, (Green i Pääbo (2010)). Cap, vol dir 0%.



Font:

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047248411002260

Més evidència a favor de l'existència d'idiomes neandertals (i heidelbergensis)

Aquest cop no prové de la genètica ni tampoc de l'acústica, ni tant sols de reconstruccions de la veu dels neandertals fetes a partir de models d'hioides en 3D, sinó que es tracta més aviat de sacs d'aire.



Eh!?

Els sacs d'aire són una característica "anatòmica" present al tracte vocal de tots els grans simis, anomenats "apes" en anglès, excepte en els H. sapiens. La presència d'aquests sacs d'aire sembla ser que dificultaria la distinció clara en l'emisió de sons vocàlics.

Les vocals són la producció de sons amb un punt d'articulació determinat dins del tracte vocal sense que es produeixi cap obstrucció en la sortida d'aire -classe de 5è de primària- a diferència de les consonants. Les vocals són elements sonors molt importants en la parla -no hi ha cap idioma del món que no contingui sons vocàlics- i poden variar enormement entre diferents idiomes, sent 5 el nombre de vocals més comú, i que solen correspondre a les vocals que tant bé coneixem: a, e, i, o, u.



Poder distingir entre els diferents sons vocàlics, per tant, sembla una característica clau pels inicis del llenguatge. A la pregunta de si "els humans arcaics ja havien perdut aquests molestos sacs d'aire?" els autors de l'estudi han trobat que sí: tant els heidelbergensis (600.000 anys) com els neandertals (60.000 anys) ja havien perdut aquests sacs d'aire, per tant, és raonable pensar que els inicis de la vocalització fina ja havien començat. Els australopitecus afarensis, de fa 3.3 milions d'anys, en canvi, encara els conservaven.



Font:

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047248411002004

El somriure d'A. sediba: irresistible!

Últimament tothom parla del que es podria convertir en l'esglaó perdut d'alguna branca penjada entre el gènere Homo i els Australopitecus.

Amb la seva morfologia propera als Homo, però encara mostrant certes característiques australopitecines, i una edat de 2 milions d'anys, A. sediba és el candidat amb més probabilitats a ser nominat per coronar l'esglaó entre la Lucy i nosaltres. Perquè us en feu una idea, aquí hi ha la última reconstrucció d'aquest avantpassat nostre:



No em digueu que no és irresistiblement sexy, tot ho té de color xocolata: els ulls, la pell, els cabells... i a més a més és pelut. I sembla simpàtic, us animaríeu a compartir foguera amb ell, mentre us va confeccionant indústria lítica i us ho explica tot amb "pèls" i "senyals"?

L'espinada neandertal estudiada al detall

En Millán Mozota, expert en tot allò mínimament relacionat amb els neandertals, ha tractat en un post un estudi que acaba de sortir en què s'ha examinat detalladament la columna vertebral de diferents primats, neandertals inclosos.



Però abans que ens trenquem l'espinada, 4 conceptes molt bàsics d'anatomia: la columna vertebral humana no és recta, sinó que presenta 4 corbatures que són molt importants per mantenir-nos drets sobre les dues extremitats posteriors i moure'ns amb relativa facilitat. Aquestes 4 corbatures no es troben tant marcades en els primats que no utilitzen el bipedalisme per desplaçar-se o l'utilitzen de manera molt secundària.

Ara ja podem encetar el meló:

El que s'ha estudiat, particularment, és la corbatura de la regió lumbar, que es situaria a l'alçada de l'abdomen. Aquesta corbatura rep el nom de "lordosi" i sembla ser que els neandertals la tenien una mica diferent dels humans moderns, cosa que hauria pogut afectar la seva locomoció.

Els humans moderns ens caracteritzem de la resta de primats perquè tenim un angle de lordosi més acusat, és a dir, que la columna s'endinsa més cap endins, que és de 51º en promig. Els primats no humans (goril·les, ximpanzés) es mouen al voltant dels 22º, els australopitecins i erectus també presenten angles força marcats, com el dels moderns, movent-se al voltant de 41º i 45º respectivament. Els humans moderns arcaics eren molt semblants als actuals, amb angles d'uns 54º.



L'excepció aquí la tenim amb els neandertals, que en promig presenten uns graus de lordosi que, tot i ser més alts que els dels primats no humans, són força més baixos que els dels seus parents més propers: 29º. Segons els autors, aquest patró l'haurien heretat dels seus avantpassats, els heidelbergensis.

Què vol dir això? Que potser en Boule tenia raó? No tant depressa: els neandertals podien caminar tant drets com nosaltres; el que passa és que no caminaven exactament igual, una característica que alguns ja havien intuït analitzant-ne les cames i també l'oïda, on hi ha l'òrgan responsable de l'equilibri. Les conclusions semblen similars a les d'un altre estudi de l'any 2008 que també va analitzar la lordosi neandertal amb una altra metodologia.



Si en voleu saber més, només cal que llegiu l'entrada al blog d'en Millán, on per cert, hi ha comentat un dels autors de l'estudi que és amic seu, i pel que sembla està observant més diferències entre moderns i neandertals en altres parts de la columna, que podria publicar en un altre estudi ben aviat: http://timoneandertal.blogspot.com/2011/11/curvatura-de-la-espalda-y-locomocion.html i el resum de l'estudi: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ajpa.21633/abstract

El racó de l'Australopitecus: P. robustus

Si en aquesta vida hi ha alguna cosa certa, és que després del boisei sempre ve el robustus.
P. robustus va ser descobert a Sudàfrica l'any 1938, i el seu descobriment va donar lloc a la creació d'un nou gènere: el Paranthropus. No és que el nostre amic fos molt diferent dels australopitecins com la Lucy, no; és que era molt robust, almenys la seva mandíbula. I davant del dubte, van preferir encabiar-lo en una nova categoria inventada pels homínids, no fos cas que s'enfadés i decidís clavar queixalada.

P.robustus va viure fa entre 1,2 i 2+ milions d'anys; això el converteix en possiblement contemporani amb P.boisei. No sabem si es van arribar a encreuar ni quin tipus de relació filogenètica (ja no diguem amistosa) tenien aquestes dues espècies tant properes.



Si bé s'han trobat uns quants indrets, un dels quals amb més de 130 individus per cert, que testifiquen l'existència d'aquest relatiu nostre, podríem afirmar que de moment, P. robustus va ser una espècie exclusivament sud-africana. L'anàlisi de la dentició, que com sabeu, aporta moltes característiques interessants de la vida d'un individu, ha revelat que la majoria de P.robustus no passaven dels 17 anys: ja se sap que l'adolescència és molt complicada.

La característica de P.robustus que més sobresortia, després de la robustesa de la mandíbula i del crani, era la cresta sagital, i és clar, les dents. Tot plegat els donava cert de goril·la, prò les similituds no van més enllà, perquè al contrari del que es pensaven els antropòlegs al principi, P. robustus no era cap gegant, més aviat al contrari: els mascles no passaven dels 1,20 metres x 54 quilos, i les femelles feien 1 metre x 40 quilos. Tot plegat indica cert dimorfisme sexual, encara que no tant pronunciat com el dels boisei.

La capacitat cranial de P. robustus era lleugerament inferior que la del seu amic boisei: entre 410 i 530 centímetres cúbics, semblant a la del ximpanzé; en canvi, les seves dents afilades recorden més les d'un goril·la.
Aquesta capacitat cranial no vol dir que fos estúpid: estava molt ben adaptat al seu entorn i va viure durant un període de temps més que admirable, si tenim en compte que la gran majoria de robustus eren tendres adolescents amb les hormones disparades.



La dieta de P. robustus coincideix amb la de P. boisei, en què els antropòlegs sembla que no encerten els plats preferits del nostre protagonista, i és motiu de fortes discussions entre els partidaris de les llavors sense salsa i els partidaris de les arrels amanides amb fruits secs. Possiblement la dieta de P. robustus era força més flexible que les discussions dels nostres antropòlegs.

I, atenció perquè això és del 2011 i molt interessant: un estudi dels isòtops d'estronci de les dents també ha revelat que tant P.robustus com P. boisei probablement practicaven la patrilocalitat, és a dir, les femelles arribades a la pubertat abandonaven el clan on havien crescut per anar-se'n a viure al del seu company masculí.

El racó de l'Australopitecus: P. boisei

Un dels humanoides (en contraposició a hominids per als membres del gènere Homo) que més m'ha cridat l'atenció és el P. boisei. Potser és perquè el vaig veure per primer cop a L'Odyssééeè de l'espécé pescant termites i alhora formant part d'una trama romantico-dramàtica que en Malatterre havia escrit específicament per aquests humanoides, que el seu nom m'ha quedat gravat per sempre a la memòria.



El fet que els australopitecins (excepte la Lucy, és clar) siguin relativament menys coneguts que els nostres conegudíssims erectus i neandertals, es deu segurament a l'antropocentrisme: allò que no ens afecta, no ens importa. És per això que he pensat en dedicar-los uns quants posts. I és que s'ho mereixen. Encara que, malauradament, ja siguin història, aquests humanoides són senzillament fascinants.

El regnat dels boisei va començar en algun lloc de l'Àfrica subsahariana fa més de 2.600.000 anys, com gairebé tot lo homínid d'aquest món, i va finalitzar, perquè si vau llegir el Rei Lleó, sabeu tant bé com jo que tots els reis i regnats tard o d'hora acaben finalitzant, fa 1.200.000 anys. Encara que els boisei ens puguin semblar poca cosa més que una branca morta, aïllada i allunyada d'una de tant central com la nostra, el cert és que com a espècie no ens hem acostat ni de lluny a la supervivència dels boisei, que va ser de més d'1,4 milions d'anys com a mínim. Dit d'una altra manera: els boisei van ser uns homínids molt afortunats, amb una llarga història.

El nom científic dels nostres humanoides és força complicat i n'hi ha diferents versions. La més acceptada es Paranthropus boisei. L'adjectiu boisei prové del cognom d'un tal Boise, que era l'antropòleg fundador de l'equip que va descobrir l'humanoide el 17 de juliol de 1959, a Olduvai (Tanzània). Així doncs, els mèrits se'ls va acabar emportant el qui posava la pasta per poder continuar amb les exacavacions i no una tal Mary Leakey, la descobridora. Com gairebé sempre.



Els boisei feien una alçada i pes comparable a la resta d'australopitecins, i presentaven un clar dimorfisme sexual, que vol dir que els homes són molt homes, i les dones molt dones. En el cas dels boisei, els homes feien 1,30 metres i pesaven 68 quilos, però no patien pas d'obesitat, tot eren bíceps. Les femelles es quedaven en 1,05 metres i 45 quilos de mitjana. La capacitat cranial es movia al voltant dels 500-550 cc. Les dents eren d'allò més grosses, de tal manera que els podríem anomenar afectuosament Dentotes.

Aquestes dents tant grosses i afilades van fer pensar a molts homínids que els boisei potser menjaven fruits molt durs (se sobreeentén que trencaven la closca dels fruits secs amb les dents, i no pas amb una pedra com hem de fer nosaltres), però l'anàlisi detallat de les dents l'any 2005, que com sabem gràcies als neandertals, hi poden quedar micropartícules enganxades, va revelar que els homínids estaven equivocats, i que el nostre australopitecí probablement menjava grans quantitats de verdura fresca.

Hi ha uns 6-7 fòssils de boisei ben preservats que es mouen al voltant dels dos milions d'anys, però no tenen pas nom de pila, a diferència d'en Nandy, la Pierrette, en Bouchra, en Moshe o el menino. Això es deu probablement a què els boisei no són gaire coneguts; han aparegut un parell o tres de vegades en algun documental multiepisòdic malaterrenc i prou. De ben segur que els devoradors de crispetes no han tingut en compte les meravelloses qualitats que van permetre als boisei allargar la seva existència en un període de temps més que envejable per a uns homínids que no arriben ni als 200.000 anys com és el nostre cas.



Són tantes les coses que ens falten per descobrir d'aquests humanoides que no ens les podem ni imaginar. Espero que en un futur proper els guionistes hi dediquin més atenció. Des de NeanderFollia, un aplaudiment per la mil·lionària saga dels Boisei!!!